• ANASAYFA
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim - Adres
  • Genel Bilgi
  • Üniversite Yönetimi
  • Akademik Takvim
  • Derece Programları
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • Genel Kabul ve Kayıt Koşulları
  • Kredi Hareketliliği ve Önceki Öğrenmenin Tanınması
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
  • İletişim
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Uluslararası Öğrenciler için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları ve Kulüpler
  • İzmir-Türkiye Hakkında
• ULUSLARARASI İLİŞKİLER
  • Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
  • Kayıt İşlemleri
  • Anlaşmalar
  • Koordinatörler
  • Belgeler
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • AKTS/DE Etiketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS BST 5006 Biyoinformatik İçin Python ve Unix SEÇMELİ 3 0 0 12

Dersi Veren Birim

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ.DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Bu ders, öğrencilere Linux ortamının temellerini ve biyolojik veri analizi için programlama becerilerini kazandırmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Linux komut satırı ile çalışabilmek 2   Bash komut dosyalarını geliştirebilme 3   Biyolojik veri analizi için Python programlama dilini kullanabilme 4   Python programlama dili ile biyolojik bilgiyi elde etmek için programlı olarak genel kullanıma açık veritabanlarına erişebilmek 5   Bash veya Python ile biyolojik veri analizi için analiz hatları geliştirebilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 Linux ve işletim sistemi 2 Temel komutlar ve bash komut dosyası 3 Metin editörleri, kabuklar, bash ve komut satırı 4 Python dizeleri, metin, sayı, tarih ve saat 5 İteratörler, jeneratörler, dosyalar, g / Ç 6 Fonksiyonlar 7 Modüller ve Paketler 8 Sıra nesneleri ve g / Ç 9 ARA SINAV 10 Çoklu dizi hizalaması ve BLAST 11 BioPython ile kamuya açık veritabanlarına erişme 12 Yol analizi 13 Sekans motifi analizi 14 Kümeleme analizi 15 Denetlenen öğrenme yöntemleri 16 Ödev Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Biopython Tutorial and Cookbook, Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczy ski 2. Beazley, David, and Brian K. Jones. Python cookbook. " O'Reilly Media, Inc.", 2013.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL 1 ODV Ödev/Dkat. 2 VZ Vize 3 FN Final 4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40 5 BUT Bütünleme 6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40 *** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Ders Anlatımı 14 3 42 Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 8 112 Vize Sınavına Hazırlık 1 15 15 Final Sınavına Hazırlık 1 20 20 Ödev Hazırlama 1 50 50 Sunum Hazırlama 1 30 30 Proje Hazırlama 1 15 15 Final Sınavı 1 10 10 Vize Sınavı 1 5 5 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 299

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 ÖK.1 5 5 5 ÖK.2 5 5 ÖK.3 5 5 ÖK.4 5 5 5 5 ÖK.5 5 5 5