• ANASAYFA
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim - Adres
  • Genel Bilgi
  • Üniversite Yönetimi
  • Akademik Takvim
  • Derece Programları
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • Genel Kabul ve Kayıt Koşulları
  • Kredi Hareketliliği ve Önceki Öğrenmenin Tanınması
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
  • İletişim
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Uluslararası Öğrenciler için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları ve Kulüpler
  • İzmir-Türkiye Hakkında
• ULUSLARARASI İLİŞKİLER
  • Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
  • Kayıt İşlemleri
  • Anlaşmalar
  • Koordinatörler
  • Belgeler
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • AKTS/DE Etiketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS BST 6009 Hesaplamalı Genomik SEÇMELİ 3 0 0 12

Dersi Veren Birim

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DOÇ.DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Amacı

Genomik verilerin alınması, işlenmesi, analizi ve yorumlanması için biyoinformatik yöntem ve araçların kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını sağlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Modern hesaplamalı yöntemlerine aşina olabilme 2   Bilgisayarda deneysel araştırma uygulayabilme 3   Sekans veritabanlarında benzerlik aramalarını yapabilme 4   Nükleotit ve aminoasit sekans örüntülerini tanımlayabilme 5   Bilgisayar tekniklerini kullanarak gen ve protein fonksiyonunu tayin edebilme 6   Protein yapı analizi ve tahmini için hesaplamalı yöntemleri uygulayabilme 7   Biyoinformatik yaklaşımları kullanarak protein etkileşimlerini açıklayabilme 8   mikroRNA ların in silico çözümlenmesi 9   Transkripsiyon sırasında ve sonrası gen düzenlemelerinin analizi için biyoinformatik araçları kullanabilme 10   Araştırma sonuçlarını sunabilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 Sekans Veritabanlarında Benzerlik Araması I 2 Sekans Veritabanlarında Benzerlik Araması II 3 Gen ve Protein Sekans Motiflerinin Bulunması I 4 Gen ve Protein Sekans Motiflerinin Bulunması II 5 Filogenetik Çözümleme 6 Protein Yapı ve Fonksiyonunun Analizi I 7 Protein Yapı ve Fonksiyonunun Analizi II 8 ARASINAV 9 İkincil ve Üçüncül Protein Yapısı Tahmini I 10 İkincil ve Üçüncül Protein Yapısı Tahmini II 11 Protein Etkileşim İnformatiği 12 MikroRNA İnformatiği 13 Gen Regülasyonunun Biyoenformatik Analizi I 14 Gen Regülasyonunun Biyoenformatik Analizi II 15 Ödev Sunumları 16 FINAL

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Bioinformatics and Functional Genomics, by Jonathan Pevsner October. Wiley-Blackwell, 2015 ISBN: 978-1-118-58178-0

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL 1 ODV Ödev/Dkat. 2 VZ Vize 3 FN Final 4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40 5 BUT Bütünleme 6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40 *** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Ders Anlatımı 14 3 42 Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 10 140 Vize Sınavına Hazırlık 1 20 20 Final Sınavına Hazırlık 1 30 30 Ödev Hazırlama 1 40 40 Sunum Hazırlama 1 30 30 Vize Sınavı 1 3 3 Final Sınavı 1 3 3 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 308

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 ÖK.1 5 5 5 ÖK.2 5 5 ÖK.3 5 5 ÖK.4 5 5 ÖK.5 5 5 ÖK.6 5 5 ÖK.7 5 5 ÖK.8 ÖK.9 ÖK.10 5