DERS ADI

: Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Teknikleri

DERECE PROGRAMLARI

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
BST 6007 Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Teknikleri SEÇMELİ 3 0 0 12

Dersi Veren Birim

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DR.ÖĞR.ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin çeşitli hesaplama teknikleri ile nasıl modellenebileceğini kapsamlı bir şekilde anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   İleri yapısal biyoloji tekniklerini öğrenme
2   Gelişmiş matematiksel modellemeyi öğrenme
3   Protein ve nükleik asit modellemeleri için algoritmaların nasıl uygulanabileceğini öğrenme
4   Karmaşık bir in silico deneyin nasıl tasarlanacağını öğrenme
5   In silico deney sonuçlarının nasıl yorumlanacağını ve sonuçlardan elde edilen çıktılarla nasıl yeni deneyler tasarlanacağını öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Protein yapısı ve modifikasyonları
2 Protein katlanması fenomeni
3 DNA yapısı ve modifikasyonları
4 RNA yapısı ve modifikasyonları
5 Biyomoleküler ailelerin evrim ile belirlenmesi
6 İleri deneysel yapı belirleme teknikleri
7 İleri hesaplamalı tekniklerle yapı tayini
8 Ampirik kuvvet alanı hesaplarının karşılaştırılması
9 Potansiyel enerji yüzeylerinin ve enerji minimizasyon metotlarının kodlanması
10 Uygulamalı Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri
11 İleri İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri
12 Evrimsel korunma bilgisinin moleküler modellemeye katılması
13 Program kodu yazarak homoloji modelleme uygulamaları
14 Program kodu yazarak biyomoleküler yaklaştırma uygulamaları
15 Program kodu yazarak protein tasarımı uygulamaları
16 FINAL SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition
C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ODV Ödev/Dkat.
2 VZ Vize
3 FN Final
4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5 BUT Bütünleme
6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 14 3 42
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 8 112
Vize Sınavına Hazırlık 1 20 20
Final Sınavına Hazırlık 1 25 25
Ödev Hazırlama 2 35 70
Sunum Hazırlama 1 30 30
Vize Sınavı 1 5 5
Final Sınavı 1 5 5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 309

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8
ÖK.1555
ÖK.25555
ÖK.35555
ÖK.45555555
ÖK.55555555

İLETİŞİM BİLGİLERİMİZ
Dokuz Eylül Üniversitesi Cumhuriyet Bulvarı No: 144 35210 Alsancak / İZMİR
Telefon: +90(232) 412 12 12 - Faks: +90 (232) 464 81 35

Copyright 2015 DEÜ. BİD

ANASAYFA / ÜNİVERSİTE HAKKINDA / DERECE PROGRAMLARI / ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER / ULUSLARARASI İLİŞKİLER