Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 5038	Matematiksel Modellemeye Giriş: Yapısal Biyoloji Uygulamaları	SEÇMELİ	3	0	0	9

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DR.ÖĞR.ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin matematiksel modelleme teknikleri ile nasıl modellenebileceğinin temellerini anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	1. Matematik modellemenin temellerini öğrenme
2	2. Protein ve nükleik asit modellemenin temellerini öğrenme
3	3. in silico deneyi tasarlamayı ve sonuçlarını yorumlamayı öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Matematiksel Modellemeye Giriş
2	Uygulama
3	Lineer Cebir ve matematiksel modellemede uygulanışı
4	Türevin ve integralin matematiksel modellemede uygulanışı
5	Deneysel Yapı Belirleme Yöntemleri
6	Ampirik Kuvvet Alanı Hesapları
7	Hesaplamalı Tekniklerle Yapıların Belirlenmesi
8	Uygulama
9	Potansiyel Enerji Yüzeyleri, Enerji Minimizasyonu Yöntemleri
10	Uygulama
11	Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri
12	Uygulama
13	Temel İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri
14	Uygulama
15	Proje Sunumları
16	Final Sınavı

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana Kaynaklar:
A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition
C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Her dersin sonunda, dersi anlatan öğretim üyesine, bir dakikalık özet teslim edilmelidir. Bu özet, ders sırasında öğretilen öğeleri özetleyen birkaç cümleyi içermelidir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri