DERS ADI

: Biyoinformatiğe Giriş

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
TRO 5010 Biyoinformatiğe Giriş SEÇMELİ 2 2 0 6

Dersi Veren Birim

Translasyonel Onkoloji Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF.DR. YASEMİN BAŞBINAR

Dersi Alan Birimler

Translasyonel Onkoloji Yüksek Lisans
Translasyonel Onkoloji Bütünleşik Doktora

Dersin Amacı

Biyoinformatik araçlar ve teknikler hakkında bilgi sahibi olmaları, teknolojilerden nasıl yararlanabileceğini bilmeleri, veri bankalarına bağlanmayı ve bu alandaki biyoinformatik değerlendirmelerini bilmelerini sağlamaktır. Bu Ders kapsamında; Biyoinformatik nedir, araçları ve teknikleri, kanser veri tabanları, in silico çalışmalar anlatılacaktır

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Biyoinformatik hakkında bilgi sahibidir
2   Kanser araştırmalarında biyoinformatik yöntemler hakkında bilgi sahibidir.
3   Biyolojik diziler, seri veri tabanları ve hizalamalar hakkında bilgi sahibidir.
4   Yapı ve domain veri tabanlarını kullanır.
5   Yolak ve süreç veri tabanlarını kullanır.
6   In silico çalışmaları literatürde izler ve kavrar.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Biyoinformatik nedir 1
2 Biyoinformatik nedir 2
3 Kanser araştırmalarında kullanım alanları 1
4 Kanser araştırmalarında kullanım alanları2
5 Kanser araştırmalarında kullanım alanları3
6 Biyoinformatik araçlar ve teknikler1
7 Biyoinformatik araçlar ve teknikler2
8 Biyoinformatik araçlar ve teknikler3
9 Kanser veri tabanları1
10 Kanser veri tabanları2
11 Kanser veri tabanları3
12 in silico çalışmalar1
13 in silico çalışmalar2
14 in silico çalışmalar3
15 Tartışma ve değerlendirme

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Molecular Biology of the Cell, 6th Edition. Ed. Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. Garland Publishers
Essential Cell Biology - 4th Edition Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander D Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter Garland Publishers
The Biology of Cancer, 2nd Edition, Robert A. Weinberg, Garland Publishers
Molecular Biology of the Gene, 7th edition, James Watson, Alexander Gann, Tania Baker, Michael Levine, Stephan Bell, Richard Losick, Stephan Harrison Pearson Cold Spring harbor Laboratory Press.
Principles of Molecular Diagnostics and Personalized Cancer Medicine, Dongfeng Tan, henry Lynch, Wolters Kluwer, Lippincott Williams&Wilkins.
The Handbook of Biomarkers, Kewal Jain, Humana Press
Translational and Experimental Clinical Research, Daniel Schuster, William Powers, Lippincott Williams&Wilkins.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik ders anlatımı, konuların ders içi etkinliklerle (sunum ve ödevlerle) pekiştirilmesi ve tartışılması

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Ara Sınav
2 PO Performans/Ödev
3 FN Final
4 BNS Başarı VZ * 0.20 +PO * 0.20 + FN* 0.60
5 BUT Bütünleme Notu
6 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu VZ * 0.20 + PO * 0.20 + BUT* 0.60


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Sınav ile; (1. Biyoinformatik hakkında bilgi sahibidir2.Kanser araştırmalarında biyoinformatik yöntemler hakkında bilgi sahibidir. 3.Biyolojik diziler, seri veri tabanları ve hizalamalar hakkında bilgi sahibidir.)
Ödev ve sunum ile (4.Yapı ve domain veri tabanlarını kullanır.5.Yolak ve süreç veri tabanlarını kullanır.
6. İn silico çalışmaları literatürde izler ve kavrar.)

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

yasemin.baskin@deu.edu.tr ; 0 232 412 58 01

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Çarşamba 10:00-11:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 2 30
Uygulama 15 2 30
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 15 2 30
Vize Sınavına Hazırlık 1 8 8
Final Sınavına Hazırlık 1 10 10
Ödev Hazırlama 4 5 20
Sunum Hazırlama 2 10 20
Final Sınavı 1 1 1
Vize Sınavı 1 1 1
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11PK.12
ÖK.155555
ÖK.25555555
ÖK.355555
ÖK.455555
ÖK.555555
ÖK.655555