Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
KIM 5104	Biyoinformatik	SEÇMELİ	3	0	0	8

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF.DR. LEVENT ÇAVAŞ

Dersi Alan Birimler

Biyokimya Yüksek Lisans
Kimya Doktora
Kimya Bütünleşik Doktora
Biyokimya Doktora

Dersin Amacı

Biyoinformatik biyolojik veri tabanlı problemleri çözmeye yönelik uygulamalı matematik, istatistik, bilgisayar bilimleri ve yapay zeka alanlarındaki yöntemlerin kullanıldığı çok disiplinli bir alandır. Bu dersin temel amacı gen bulma, motif ekstraksiyonu, protein yapı analizi, ilaç dizaynı ve protein-protein etkileşimler üzerine geliştirilen bazı algoritmaları öğrencilere öğretmektir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Genom projesi sonrasında yeni ortaya çıkan biyoinformatik alanını tanımlayabilmeli,
2	Biyoinformatik alanında kullanılan veri bankalarını bilmeli ve veri elde edebilmeli,
3	Biyoinformatik alanında geliştirilen yazılımları kullanabilmeli,
4	Biyoinformatik alanındaki yayınları takip edebilmeli ve karşılaştırabilmeli,
5	Biyoinformatik alanında multidisipliner olarak oluşturulmuş ekiplerde çalışabilmeli.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatik'e Giriş
2	Biyoinformatikte kullanılan veri bankaları-1
3	Biyoinformatikte kullanılan veri bankaları-2
4	IEDB
5	Protein Analizi-Prot Param&Sekonder Yapı Analizi
6	Çoklu Sekans Analizi-Clustal Omega
7	Biyoaktif Peptitler ve in silico analizi
8	Protein yapısı ve İlaç tasarımı
9	Ara Sınav
10	Proteinlerde katlanmamış ve transmembran bölge tayini
11	Allerjen proteinler ve in silico tayinleri
12	Biyoinformatik'te alanında basılan güncel makaleler-öğrenci sunumları
13	Biyoinformatik'te alanında basılan güncel makaleler-öğrenci sunumları
14	Biyoinformatik'te alanında basılan güncel makaleler-öğrenci sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Gibas C., ve Jambeck P., (2005). Developing Bioinformatics Computer Skills
2. Jones N.C. ve Pevzner P.A. (2005). An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)
3. Lesk A.M. (2005). Introduction to Bioinformatics. Second Edition. Oxford Press.
4. Web tabanlı biyoinformatik veri bankaları ve araçlar (expasy.ch, ebi.ac.uk vb).

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Düz anlatım
2. Soru Cevap
3. Aktif Eğitim Yöntemleri
4. Sunumlar

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Arasinav
2	ODV	Sunum/Ödev
3	FN	Final
4	BNS	BNS	VZ * 0.25 +ODV * 0.35 +FN * 0.40
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.25 +ODV * 0.35 +BUT * 0.40

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Bu dersin değerlendirmesinde bir ara sınav (%40) ve bir final sinavı (%60) notu kullanılacaktır.

Değerlendirme Kriteri

Sınavlarda ve ödevlerde öğrencilere öğrenme hedeflerinin anlaşılmasına ve öğrenme hedefleri arasında ilişkileri ortaya koyacak şekilde sorular sorulacaktır.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Pandemi nedeniyle DEÜ Senato kararı gereği 2020/2021 Bahar dönemi devam zorunluluğu bulunmamaktadır. Diğer kurallar için www.deu.edu.tr web sayfası takip edilebilir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

DEÜ, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü
Email: levent.cavas@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Çarşamba 17.00-17.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	13	3	39
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	13	3	39
Vize Sınavına Hazırlık	1	20	20
Final Sınavına Hazırlık	1	30	30
Biyoinformatik alanı ile ilgili güncel makalelerin okunması	4	10	40
Sunum Hazırlama	2	15	30
Final Sınavı	1	2	2
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			202

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8	PK.9	PK.10	PK.11
ÖK.1	5	3	5	5	2	5	5	2	5	1	5
ÖK.2	5	4	5	5	2	5	5	2	5	1	5
ÖK.3	5	3	5	5	2	5	5	2	5	1	5
ÖK.4	5	3	5	5	2	5	5	2	5	1	5
ÖK.5	5	3	5	5	2	5	5	2	5	1	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI