Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
CHE 4232	Biyoinformatiğe Giriş	SEÇMELİ	2	0	0	4

Dersi Veren Birim

Kimya

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

PROF.DR. LEVENT ÇAVAŞ

Dersi Alan Birimler

Kimya (İ.Ö)
Kimya

Dersin Amacı

Biyoinformatik yeni ortaya çıkan multidisipliner bir alandır. Bu alan biyolojik verileri ve bilgisayar bilimlerini içerir. Bu ders süresince öğrenciler; protein-DNA veri bankalari, protein parametreleri üzerine geliştirilmiş birçok web tabanli biyoinformatik araç, çoklu dizinim analizi, genom içerisinde gen bulma, motif ekstraksiyonu, membran heliksleri, proteinlerde katlanmamış bölgeler ve filogenetik agaçlar gibi biyoinformatiğin temellerine ilişkin kavramları öğreneceklerdir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Öğrenciler ilgili veribankalarından protein ve DNA FASTA sekanslarını bulabilirler.
2	Öğrenciler, çoklu dizinim analizi, katlanmamış bölge ve protein parametrelerini bulmak için uygun biyoinformatik analizleri gerçekleştirebilirler.
3	Öğrenciler membran helikslerini tahmin edebilir ve enzim aktif bölge ve reseptör-ligand etkileşimlerini görüntüleyebilirler.
4	Öğrenciler proteinlerdeki motifleri tahmin edebilir ve filogenetik ağaç çizebilirler.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatiğe Giriş
2	Protein Veri Bankaları-1 (Uniprot, expasy)
3	Protein Veri Bankaları-2 (RSCB-Protein Data Bank)
4	DNA Veri Bankaları-1
5	DNA Veri Bankaları-2
6	In silico protein parametre analizi
7	Proteinlerde doğal katlanmamış bölgeler
8	Ara Sınav
9	Membran proteinlerinde membran helikslerinin tahmini
10	3boyutlu enzim aktif merkez görüntülenmesi (YASARA)
11	Reseptör-Ligand etkileşimleri (Auto-Dock Vina)
12	Filogenetik agaçların oluşturulması
13	Motif ekstraksiyon araçları
14	Öğrenci proje sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Lesk, A., (2006). Introduction to Bioinformatics, Oxford University Pres, New York
Çeşitli internet kaynakları:
http://www.expasy.ch
http://www.ebi.ac.uk
http://www.rcsb.org

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum, İnteraktif sunum, sorular ve cevaplar, ödev, uygulama

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	OD	Ödev
3	FN	Final
4	BNS	BNS	VZ * 0.25 + OD * 0.35 + FN * 0.40
5	BUT	BÜTÜNLEME
6	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	VZ * 0.25 + OD * 0.35 + BUT * 0.40

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Öğrencilere sınavlarda kozmetik ürünlerin içeriği ve üretim proseslerine yönelik .sorular sorulacaktır.

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saatine ve ödev teslimi ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Levent CAVAS,
Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü,
Tınaztepe Kampüsü, İzmir
Tel: +90 232 3018701 (ofis)
Email: lcavas@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Çarşamba 16:00-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	13	2	26
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	13	1	13
Vize Sınavına Hazırlık	1	10	10
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Ödev Hazırlama	1	30	30
Vize Sınavı	1	2	2
Final Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			93

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.4	PK.5	PK.9	PK.10	PK.11	PK.12	PK.13	PK.14	PK.15	PK.16	PK.17
ÖK.1	5	3	4	1	5	5	3	3	5	5	5	5	5
ÖK.2	5	4	4	1	5	5	3	3	5	5	5	5	5
ÖK.3	5	3	4	1	5	5	3	3	5	5	5	5	5
ÖK.4	5	3	4	4	5	5	3	3	5	5	5	5	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI