• ANASAYFA
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim - Adres
  • Genel Bilgi
  • Üniversite Yönetimi
  • Akademik Takvim
  • Derece Programları
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • Genel Kabul ve Kayıt Koşulları
  • Kredi Hareketliliği ve Önceki Öğrenmenin Tanınması
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
  • İletişim
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Uluslararası Öğrenciler için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları ve Kulüpler
  • İzmir-Türkiye Hakkında
• ULUSLARARASI İLİŞKİLER
  • Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
  • Kayıt İşlemleri
  • Anlaşmalar
  • Koordinatörler
  • Belgeler
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • AKTS/DE Etiketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS BST 5002 Moleküller Modellemeye Giriş SEÇMELİ 3 0 0 9

Dersi Veren Birim

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DR.ÖĞR.ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin hesaplama teknikleri ile nasıl modellenebileceğinin temellerini anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Yapısal biyolojinin temellerini öğrenme 2   Matematik modellemenin temellerini öğrenme 3   Protein ve nükleik asit modellemeri için web sunucularının nasıl kullanılabileceğini öğrenme 4   Bir in silico deneyini nasıl tasarlanacağını öğrenme 5   In silico deney sonuçlarının nasıl yorumlanacağını öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 Protein yapısına giriş 2 Protein katlanmasına ve esnekliğine giriş 3 DNA yapısına ve DNA nın proteinler tarafından tanınmasına giriş 4 RNA yapısına ve RNA nın proteinler tarafından tanınmasına giriş 5 Protein Ailelerine Giriş 6 Deneysel Yapı Belirleme Yöntemleri 7 Hesaplamalı Tekniklerle Yapıların Belirlenmesi 8 Ampirik Kuvvet Alanı Hesapları 9 Potansiyel Enerji Yüzeyleri, Enerji Minimizasyonu Yöntemleri 10 Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri 11 Temel İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri 12 Web sunucuları tarafından homoloji modellemesi 13 Web sunucuları tarafından biyomoleküler yaklaştırma 14 Web sunucuları tarafından Protein Tasarımı 15 Konu tekrarı 16 FINAL SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL 1 ODV Ödev/Dkat. 2 VZ Vize 3 FN Final 4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40 5 BUT Bütünleme 6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40 *** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Ders Anlatımı 15 3 45 Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 5 70 Vize Sınavına Hazırlık 1 15 15 Final Sınavına Hazırlık 1 20 20 Ödev Hazırlama 1 50 50 Sunum Hazırlama 1 15 15 Final Sınavı 1 10 10 Vize Sınavı 1 5 5 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 230

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 ÖK.1 5 5 5 ÖK.2 5 5 5 5 ÖK.3 5 5 5 5 ÖK.4 5 5 5 5 5 5 5 ÖK.5 5 5 5 5 5 5 5