Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MPT 6006	Moleküler Patolojide Biyoinformatik	SEÇMELİ	2	0	0	6

Dersi Veren Birim

Moleküler Patoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF.DR. SÜLEN SARIOĞLU

Dersi Alan Birimler

Moleküler Patoloji Doktora

Dersin Amacı

Biyolojik örneklerin analizi sırasında ortaya çıkan biyolojik materyallerin içine gömülmüş olan verideki moleküler ve biyolojik bilgiyi ortaya çıkaracak uygulama ve yöntemleri açıklamak amaçlanmaktadır. Geniş bir perspektifle kurs, öğrencilere veri analizini ve bunların klinik uygulamalarını tanıtmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Öğrenciler farklı analiz yöntemleri ile sınıflama, gruplama, analiz ve rapor etmeyi anlayabileceklerdir.
2	Öğrenciler yeni nesil dizileme sistemleri ile elde edilen verideki bilgiyi izleyebileceklerdir.
3	Öğrenciler moleküler patoloji analiz yazılımları ile elde edilen sonuçları yorumlayabileceklerdir.
4	Öğrenciler biyoinformatik analizle elde edilen bilgiyi klinik uygulamalarla bağlantılandırabilecek ve hasta tedavisini iyileştirebileceklerdir.
5	Öğrenciler etik analizi ve veri madenciliği yazılımının değerini kavrayacaklardır.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Temel Biyoinformatik
2	Biyoinformatik veri tabanları-Genetik
3	Biyoinformatik veri tabanları-Proteinler ve diğerleri
4	Pair-wise veri analizi
5	Genom hizalama
6	Filogenik ağaç ve multiple sekans hizalama
7	Protein yapı hizalama
8	Protein ikincil yapı öngörüleri
9	Moleküler simülasyonlar-Yapısal bilgi
10	Moleküler simülasyonlar-İşlevsel bilgi
11	Protein etkileşimleri
12	Büyük veri analizi
13	Klinikte biyoinformatik uygulamaları
14	Klinik olgularda biyoinformatik uygulmaları I
15	Klinik olgularda biyoinformatik uygulmaları II

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Bu kurs için tek bir kitap gerekmemektedir. Dersler ilerledikçe öğrencilere ilgili yayınlar verilecektir.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik sunumlar ve sık teorik bilgilerin uygulamalarına izin veren sık proje görevleri.

Değerlendirme Yöntemleri

Başarılı / Başarısız

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Dersin öğrenme konuları klasik sınav, ödev/sunum ile değerlendirilecektir.

Değerlendirme Kriteri

Dersin öğrenme konuları klasik sınav, ödev/sunum ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Yar Doç Dr Ayça Erşen Danyeli
ayca.ersen@gmail.com
00902324123416

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Cuma 13.00-14:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	2	30
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	3	45
Final Sınavına Hazırlık	1	45	45
Ödev Hazırlama	1	25	25
Final Sınavı	1	5	5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.6	PK.7	PK.8	PK.10
ÖK.1		5	5	5
ÖK.2		5	5	5
ÖK.3		5	5	5
ÖK.4		5	5	5
ÖK.5	4	5	5	5	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI