DERS ADI

: Matematiksel Modellemeye Giriş: Yapısal Biyoloji Uygulamaları

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
MBG 5038 Matematiksel Modellemeye Giriş: Yapısal Biyoloji Uygulamaları SEÇMELİ 3 0 0 9

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DR.ÖĞR.ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin matematiksel modelleme teknikleri ile nasıl modellenebileceğinin temellerini anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   1. Matematik modellemenin temellerini öğrenme
2   2. Protein ve nükleik asit modellemenin temellerini öğrenme
3   3. in silico deneyi tasarlamayı ve sonuçlarını yorumlamayı öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Matematiksel Modellemeye Giriş
2 Uygulama
3 Lineer Cebir ve matematiksel modellemede uygulanışı
4 Türevin ve integralin matematiksel modellemede uygulanışı
5 Deneysel Yapı Belirleme Yöntemleri
6 Ampirik Kuvvet Alanı Hesapları
7 Hesaplamalı Tekniklerle Yapıların Belirlenmesi
8 Uygulama
9 Potansiyel Enerji Yüzeyleri, Enerji Minimizasyonu Yöntemleri
10 Uygulama
11 Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri
12 Uygulama
13 Temel İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri
14 Uygulama
15 Proje Sunumları
16 Final Sınavı

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana Kaynaklar:
A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition
C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ODV Ödev/Dkat.
2 VZ Vize
3 FN Final
4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5 BUT Bütünleme
6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Her dersin sonunda, dersi anlatan öğretim üyesine, bir dakikalık özet teslim edilmelidir. Bu özet, ders sırasında öğretilen öğeleri özetleyen birkaç cümleyi içermelidir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 3 45
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 2 28
Final Sınavına Hazırlık 1 30 30
Ödev Hazırlama 2 20 40
Proje Hazırlama 1 45 45
Sunum Hazırlama 2 15 30
Final Sınavı 1 10 10
Vize Sınavı 1 5 5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 233

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8
ÖK.1444
ÖK.24444
ÖK.34444