DERS ADI

: Biyoenformatik

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
BİY 4117 Biyoenformatik SEÇMELİ 2 0 0 5

Dersi Veren Birim

Biyoloji

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

PROF.DR. FERHAT MATUR

Dersi Alan Birimler

Dersin Amacı

Bu ders gelecekteki biyologları biyoinformatik araçlarına ve analiz yöntemlerine tanıtmak için tasarlanmıştır. Kursun tamamlanmasının ardından, öğrenciler önümüzdeki on yıllarda çalışmalarıyla ilgili olacak çok miktarda genomik veri ve çevrimiçi araçla çalışmalarını sağlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Biyoinformatik dizi analizi ve moleküler biyolojinin birçok konusu hakkında bir anlayışa sahip olmak
2   Ortak dizi analizi araçları ve veri tabanlarını kullanarak iyi bir beceri seti ve kapsamlı deneyime sahip olmak
3   Çeşitli dizi analizi problemlerine iyi bir şekilde maruz kalmak ve bunların nasıl çözüleceğini anlamak
4   Kendi sekans analiz problemlerini veya tasarım sekans analiz yazılımlarını çözebilir
5   Öğrendiklerini açık bir şekilde hazırlanmış belgeler veya kısa gösterilerde nasıl aktaracaklarını bilmek

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Giriş
2 Genomik diziler
3 Dizi analizi
4 Veri tabanı araması; BLAST.
5 İleri seviye BLAST: PSI-BLAST, Genomik DNA. Bir gen projesi bulma
6 Çoklu dizi hizalama
7 Vize
8 mRNA ve gen ekspresyonu
9 Farklılaşma analizleri ve çoklu testler
10 Dizi varyasyonları ve karşılaştırmalı genomik
11 Moleküler filogeni ve evrim
12 Makale tartışması
13 Makale tartışması
14 Makale tartışması
15 Final

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Lesk, A.M. 2002. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press. Orengo, C., Jones, D. and Thornton, J. 2003. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers. Garland Science/BIOS Scientific Publishers, New York. Krawetz, S.A. and Womble, D.D. 2003. Introduction to Bioinformatics: a Theoretical and Practical Approach. Claveria JM, Notredame C, Bioinformatic for dummies. 2007. Willey publishing Humana Press, Totowa, New Jersey.Irizarry, R. A. (2017). Data analysis for the life sciences with R. Boca Raton, CRC Press, Taylor & Francis Group. Gentleman, R. (2009). R programming for bioinformatics. Boca Raton, CRC Press. Sinha, P. P. (2014). Bioinformatics with R Cookbook. Packt Publishing Ltd.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Ders, anlatım, sunum ve tartışma formatında öğretilir. Tüm öğrencilerin derslere katılarak, hem anlatım hem de tartışma oturumlarında yer alması gereklidir. Ders programının yanı sıra, grup sunumları o hafta için atanan gruplar tarafından hazırlanacak ve bir tartışma ortamı oluşturulacak şekilde sunulacaktır.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ1 1. Vize
2 FN Final
3 BNS BNS VZ1 * 0.50 + FN * 0.50
4 BUT Bütünleme Notu
5 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu VZ1 * 0.50 + BUT * 0.50


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenci ara sınav, konu değerlendirme sınavı, ödev sunumu ve yarıyıl sonu sınavında sorulacak sorular ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %80'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Dersten önce her hafta verilen kaynaklar okunup; derse katılanacak. Ders saatine ve ödev teslimi ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ferhat.matur@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 13 2 26
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 2 28
Final Sınavına Hazırlık 1 14 14
Vize Sınavına Hazırlık 1 14 14
Diğer Kısa Sınavlara Hazırlık 4 3 12
Ödev Hazırlama 13 2 26
Final Sınavı 1 2 2
Vize Sınavı 1 2 2
Final Sınavı 4 1 4
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 128

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11PK.12PK.13PK.14
ÖK.145555555
ÖK.25555555
ÖK.355555
ÖK.45555555
ÖK.545555