Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
TRO 6014	Proteomikler	SEÇMELİ	1	0	0	3

Dersi Veren Birim

Translasyonel Onkoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF.DR. ZAHİDE ÇAVDAR

Dersi Alan Birimler

Dersin Amacı

Bu dersin amacı proteomik alanı tanıtmak, Proteom analizlerinin önemini kavratmak ve proteomik teknikler hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Proteom ve kanser ilişkisini bilir.
2	Proteomik yöntemleri bilir.
3	Kanserde uygulanan proteomik yöntemleri literatürden okuyarak anlayabilir.
4	Proteomik biyoinformatiklerin neler olduğunu bilir.
5	Kanser proteomiklerinin tanısal önemini kavrar

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Dersin tanımı ve genel kavramlar
2	Proteom tanımı ve proteom uygulamalarından örnekler (Proteom discription and significance)
3	İki boyutlu elektroforezde birinci boyut: SDS-PAGE ve İzoelektrik odaklama (2D-gel electrophoresis: SDS-PAGE and isoelectric focusing (IEF)
4	Proteinlerin görünür hale getirilmesi (Visualtization of proteins)
5	MS de örnek hazırlama (Sample preparation in MS)
6	Jel içinde parçalama (In-gel digestion)
7	Proteinlerin kütle spektrometrisi (MS) ile analizi (Mass spectrometric (MS) analysis of proteins)
8	Elektrospray iyonizasyon (ESI)-MS (Electrospray ionization (ESI)-MS) Ardışık MS (Tandem MS)
9	İzotop kodlu afinite etiketleri (ICAT) (Isotope coded affinity tags (ICAT)); HPLC-MS
10	Matriks destekli lazer dezorpsiyo iyonizayon-uçuş zamanlı (Maldi-tof)-MS (Matrix assisted laser desorption ionization-time off flight (Maldi-tof)-MS)
11	Yüzey geliştirilmiş lazer dezorpsiyo iyonizayon-uçuş zamanlı (Surface-enhanced laser desorption/ionization time off flight -MS (SELDI-Tof-MS)
12	Translasyon sonrası modifikasyonların belirlenmesi (Determination of post-translational modifications) Amino asit sırasının belirlenmesi: Edman degredasyonu (Amino acid sequencing: Edman degredation)
13	Antikor Temelli Proteomikler antibody based proteomics-
14	Proteomik Uygulamalar -Applications of proteomics-Tissue Microarray Proteomik veri bankaları (Proteomics databanks)
15	Proteomik biyoinformatikleri (Bioinformatics on proteomics)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. The Protein Protocols Handbook, J. M. Walker Ed, Humana Press, 2002
2.Proteins and Proteomics: A Laboratory Manuel, R.J. Simpson, Cold Spring Harbor, 2003
3.Cell Biology: A Laboratory Handbook,. Ed. E J Celis, 1994, Academic Press,California.
4.The human keratinocyte two-dimensional protein database (update 1994): Towards an integrated approach to the study of cell proliferation, differantiation and skin diseases Celis J.E., Rasmussen H.H., Olsen E., Madsen P., Leffers H., Honore B., Dejgaard K., Gromov P., Vorum H., Vassilev A., Baskın Y., et all. Electrophoresis 1994 nov.; 15,1349-1458.
5Clinical Proteomics of Breast Cancer Yasemin Baskın, Türkan Yiğitbaşı. Current Genomics, 2010, 11,528-536.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik derslerin yapılması, Test sınava hazırlanma, ödev hazırlama,

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	PO	Performans/Ödev
2	FN	Final
3	BNS	Başarı	PO * 0.40 +FN*0.60
4	BUT	Bütünleme Notu
5	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	PO * 0.40 + BUT*0.60

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenme çıktıları ara ve final sınavında klasik yazılı uzun cevaplı sorular ile değerlendirilecektir. Ödev ile pekiştirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

yasemin.baskin@deu.edu.tr 0 232 4125890/5801

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Pazartesi 12.30-13.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	1	15
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	4	60
Final Sınavı	1	1	1
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			76

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8	PK.9	PK.10	PK.11	PK.12
ÖK.1				5
ÖK.2				5
ÖK.3				5
ÖK.4				5
ÖK.5				5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI