Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
TBG 6100	Moleküler Biyoloji ve Hücre Biyolojisi Yöntemleri I	SEÇMELİ	2	2	0	9

Dersi Veren Birim

Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF.DR. HAKKI OGÜN SERCAN

Dersi Alan Birimler

Odyoloji Doktora
Laboratuvar Hayvanları Bilimi Doktora
Anatomi Doktora
Moleküler Patoloji Doktora
Egzersiz Fizyolojisi Doktora
Toksikoloji Doktora
Biyokimya Doktora
Biyomekanik Doktora
Histoloji - Embriyoloji Doktora
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora
Biyofizik Doktora
Fizyoloji Doktora
Translasyonel Onkoloji Doktora
Tıbbi Parazitoloji Doktora
Mikrobiyoloji Doktora
Farmakoloji Doktora
Temel Sinirbilimler Doktora
Moleküler Tıp Doktora
Translasyonel Onkoloji Bütünleşik Doktora
Moleküler Tıp Bütünleşik Doktora

Dersin Amacı

1- Temel nükleik asit araştırma yöntemlerinin öğrenilmesi ve uygulama becerisinin kazanılmasıdır.
2- PCR yöntemi ile mRNA düzeyinin kantitatif ve öreceli kantitatif analiz teorisinin öğrenilmesi ve pratik uygulama ile yöntemi uygulama becerisinin kazanılmasıdır.
3- Epigenetik bir değişiklik olan DNA metilasyonunun saptanmasına yönelik yöntemlerin teorisinin öğrenilmesi ve pratik uygulama ile MS-PCR, Bisulfit PCR, COBRA yöntemlerini uygulama becerisinin kazanılmasıdır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	PCR dinamiklerini ve kantitasyona yönelik uygulamaları karşılaştırarak tartışır.
2	DNA yapısını, metile-DNA yapısını ve metilasyon mekanizmalarını detaylarıyla anlatır.
3	Metile-DNA'nın tanımlanmasına yönelik yöntemleri sıralayarak açıklar.
4	Metilasyon spesifik PCR, bisülfit PCR ile ilgili teorik bilgiyi primer dizaynında kullanır.
5	Total RNA izolasyonu, cDNA eldesi, genomik DNA eldesi , agaroz jel elektroforezi yapabilme becerilerine sahiptir
6	Kantitatif PCR'a yönelik hedef gen ve referans gen PCR larının optimizasyonunu yapar ve eksponansiyel PCR noktasını belirler.
7	Klasik PCR ile göreceli kantitasyon yapar ve sonuçları agaroz jel elektroforezinde ve dansitometrik olarak analiz eder.
8	Real-time PCR ile göreceli kantitasyon yapar ve sonuçlarını değerlendirir.
9	Gerek kit kullanarak gerekse manuel olarak genomik DNA nın bisulfit modifikasyon işlemini yapar, örnekleri saflaştırır, metilasyon spesifik PCR ve bilsülfit PCR yöntemlerini uygular. Sonuçları agaroz jel elektroforezinde analiz eder.
10	COBRA (combined bisulfite restriction analysis ) yöntemi ile metilasyon düzeyini değerlendirir.
11	Gen ekspresyonu protein düzeyinde western blotlama ve immunoboyama yöntemleri ile belirleyebilir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Genomik DNA: organizasyon, izolasyon ve kantifikasyon
2	Genomik DNA: analiz yöntemleri (agaroz jel elektroforezi, Southern Blot, mutasyon analizleri: SSCP, PCR, sekanslama).
3	RNA regülasyonu
4	RNA isolasyonu
5	RNA analiz yöntemleri (agaroz jel elektroforezi, Northern Blot, RACE).
6	Gen Ekspresyonu
7	cDNA (sentez, yari-kantitatif PCR, qPCR)
8	Gen ekspresyon regülasyonu analizleri (EMSA, ChIP).
9	Recombinant DNA technology
10	vector cesitleri, klonlama plasmidleri (restriction enzim analizleri)
11	ekspresyon plasmidleri (bacterial, yeast, mammalian)
12	rekombinant plasmid oluşturma yöntemleri (RE kesimi, ligasyon, plasmid transformasyonu, plasmid izolasyonu, karakterizasyonu)
13	Rekombinant pretien uretimi (bakteri, maya, insect)
14	rekombinant protein purifikasyonu (HIs-tag, GST-tag, purifikasyon yontemleri)
15	Western blot

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, Online ISBN: 9780471142720

Referanslar:
- Methods In Molecular Biology Vol 200 - DNA Methylation Protocols - Humana Press.2002
- Methods In Molecular Biology - Volume 226 - PCR Protocols, Second Edition - Humana Press 2003.
- Methods in Molecular Biology Vol 193 RT-PCR Protocols Humana Press -2002
- Güncel Yayınlar

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum: Temel teorik bilgiler sunum olarak verilecektir.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	PO	Performans/Ödev
2	FN	Final
3	BNS	Başarı	PO * 0.40 +FN*0.60
4	BUT	Bütünleme Notu
5	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	PO * 0.40 + BUT*0.60

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Öğrencinin dersi alabilmesi için TBG5039 (Temel Moleküler Biyolojik Yöntemler 1) kodlu SBE dersini almış ve başarılı olmuş olması zorunludur.
Derse kabul edilecek maksimum öğrenci sayısı 3'dür.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

(232) 412 4600, ogun.sercan@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Perşembe günleri 15:30-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	2	30
Vize Sınavına Hazırlık	1	10	10
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Ödev Hazırlama	5	10	50
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	3	45
Makale Hazırlama	5	10	50
Kavram Haritası Hazırlama	3	8	24
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	3	3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			225

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8	PK.9	PK.10	PK.11	PK.12	PK.13	PK.14
ÖK.1	5	4	5	5	5	4	5	5			4	5	4	4
ÖK.2	5	5	5	5	5	4		5		5	4	5		5
ÖK.3	5	4	5	5				4		5	5			5
ÖK.4	5	4	5	5	5	5		5					5
ÖK.5	5	4	5	5								5	4
ÖK.6	5	4	5	5								5	4
ÖK.7	5	4	5	5	5	4			4			5	4
ÖK.8	5	4	5	5	5	4			4			5	4
ÖK.9	5	4	5	5	5	4		5				5	4
ÖK.10	5	4	5	5	5							5	4
ÖK.11	5	4	5	5	5							5	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI