DERS ADI

: Biyoinformatiğe Giriş

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
CHE 4232 Biyoinformatiğe Giriş SEÇMELİ 2 0 0 4

Dersi Veren Birim

Kimya

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

PROF.DR. LEVENT ÇAVAŞ

Dersi Alan Birimler

Kimya (İ.Ö)
Kimya

Dersin Amacı

Biyoinformatik yeni ortaya çıkan multidisipliner bir alandır. Bu alan biyolojik verileri ve bilgisayar bilimlerini içerir. Bu ders süresince öğrenciler; protein-DNA veri bankalari, protein parametreleri üzerine geliştirilmiş birçok web tabanli biyoinformatik araç, çoklu dizinim analizi, genom içerisinde gen bulma, motif ekstraksiyonu, membran heliksleri, proteinlerde katlanmamış bölgeler ve filogenetik agaçlar gibi biyoinformatiğin temellerine ilişkin kavramları öğreneceklerdir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Öğrenciler ilgili veribankalarından protein ve DNA FASTA sekanslarını bulabilirler.
2   Öğrenciler, çoklu dizinim analizi, katlanmamış bölge ve protein parametrelerini bulmak için uygun biyoinformatik analizleri gerçekleştirebilirler.
3   Öğrenciler membran helikslerini tahmin edebilir ve enzim aktif bölge ve reseptör-ligand etkileşimlerini görüntüleyebilirler.
4   Öğrenciler proteinlerdeki motifleri tahmin edebilir ve filogenetik ağaç çizebilirler.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Biyoinformatiğe Giriş
2 Protein Veri Bankaları-1 (Uniprot, expasy)
3 Protein Veri Bankaları-2 (RSCB-Protein Data Bank)
4 DNA Veri Bankaları-1
5 DNA Veri Bankaları-2
6 In silico protein parametre analizi
7 Proteinlerde Doğal Katlanmamış Bölgeler
8 Ara Sınav
9 Membran proteinlerinde membran helikslerinin tahmini
10 3boyutlu enzim aktif merkez görüntülenmesi (YASARA)
11 Reseptör-Ligand etkileşimleri (Auto-Dock Vina)
12 Filogenetik agaçların oluşturulması, motif ekstraksiyon araçları
13 Öğrenci ödev-proje sunumları
14 Öğrenci ödev-proje sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Lesk, A., (2006). Introduction to Bioinformatics, Oxford University Pres, New York
Çeşitli internet kaynakları:
http://www.expasy.ch
http://www.ebi.ac.uk
http://www.rcsb.org

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum, İnteraktif sunum, sorular ve cevaplar, ödev, uygulama

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Vize
2 OD Ödev
3 FN Final
4 BNS BNS VZ * 0.25 + OD * 0.35 + FN * 0.40
5 BUT BÜTÜNLEME
6 BUTBN BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU VZ * 0.25 + OD * 0.35 + BUT * 0.40


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Öğrencilere sınavlarda kozmetik ürünlerin içeriği ve üretim proseslerine yönelik .sorular sorulacaktır.

Değerlendirme Kriteri

Sunumlarda verilen temel kavramları anlamlı öğrenmesi, kavramların birbirleri ile ilişkilendirmesi, sebep-sonuç ilişkilerini kurulabilmesi ve soru veya problemlere yönelik mevcut bilgilerini kullanarak yorum yapabilmesi ve fikir üretiminin değerlendirilmesi ara sınav, final sınavı, derse aktif katılım, ödevlerle gerçekleştirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saatine ve ödev teslimi ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Levent CAVAS,
Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü,
Tınaztepe Kampüsü, İzmir
Tel: +90 232 3018701 (ofis)
Email: lcavas@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Çarşamba 16:40-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 13 2 26
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 13 1 13
Vize Sınavına Hazırlık 1 15 15
Final Sınavına Hazırlık 1 15 15
Ödev Hazırlama 1 30 30
Vize Sınavı 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 103

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11PK.12PK.13PK.14PK.15PK.16PK.17
ÖK.15341553355555
ÖK.25441553355555
ÖK.35341553355555
ÖK.45344553355555