Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 5035	R ile Biyoinformatik Programlama	SEÇMELİ	3	0	0	9

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Bu ders, öğrencilere R istatistiksel hesaplama ortamının temellerini ve biyolojik veri analizi için programlama becerilerini kazandırmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	R dili ile çalışabilmek
2	R komut dosyalarını geliştirebilme
3	Biyolojik veri analizi için R programlama dilini kullanabilme
4	R programlama dili ile genel kullanıma açık biyolojik veritabanlarına erişebilmek
5	R ile biyolojik veri analizi için programlar geliştirebilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	R diline giriş
2	Girdi ve çıktı
3	Veri yapıları
4	Veri dönüşümleri
5	Karakter dizileri ve tarihler
6	Fonksiyonlar- I
7	Fonksiyonlar- II
8	R paketleri
9	Ara Sınav
10	Veri teknolojileri
11	Grafikler- I
12	Grafikler- II
13	Biyoinformatik veri analizinde R kullanımı- I
14	Biyoinformatik veri analizinde R kullanımı- II
15	Biyoinformatik veri analizinde R kullanımı- III
16	Ödev Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana Kaynak:
1. Programming with R for bioinformatics. Robert Gentleman, CRC Press
2. R Cookbook: Proven Recipes for Data Analysis, Statistics, and Graphics. Paul Teetor, O'Reilly Media, Inc. 2011

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + FN * 0.50
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + BUT * 0.50

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Teorik bilgiler sınav ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan edilecektir

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Lectures	15	2	30
Tutorials	15	1	15
Preparation before/after weekly lectures	15	6	90
Preparation for Mid-term Exam	1	15	15
Preparation for Final Exam	1	25	25
Preparing Individual Assignments	1	15	15
Preparing Group Assignments	1	25	25
Final	1	2	2
Mid-term	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			219

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8
ÖK.1	3
ÖK.2	3
ÖK.3	3
ÖK.4	3
ÖK.5	3

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI