Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 5036	Transkriptom Veri Analizi	SEÇMELİ	3	0	0	9

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Transkriptomik verilerin eldesi, işlenmesi, analizi ve yorumlanması için biyoinformatik yöntem ve araçların kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını sağlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Transkriptom dizileme metodolojilerini tanımlamak.
2	Transkriptom veri analizi zorluklarının farkında olmak.
3	Transkriptom veri analizi için uygun hesaplama yöntemini seçebilme.
4	Transkriptom veri analizi için mevcut araçların farkında olmak.
5	Moleküler biyoloji kapsamında transkriptom veri analizi sonuçlarını yorumlamak.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

MBG 5035 - R ile Biyoinformatik Programlama

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Dizileme teknolojilerine genel bakış
2	Transkriptom dizilemenin uygulamaları
3	Transkriptom dizileme için hesaplamalı alt yapı ve temel veri analizi
4	Biyoinformatikçiler için baz çağırma
5	Okuma hizalamanın temelleri
6	Gen ifade miktarı belirleme araçları
7	İfade profilleme- I
8	İfade profilleme- II
9	Ara Sınav
10	RNA dizileme için diferansiyel ekspresyon- I
11	RNA dizileme için diferansiyel ekspresyon- II
12	Zenginleştirme ve yolak analizleri
13	Görselleştirme teknikleri
14	MikroRNA ifade profillemesi ve keşfi
15	Tartışma
16	Ödev Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
1. Rodríguez-Ezpeleta, Naiara, Michael Hackenberg, and Ana M. Aransay, eds. Bioinformatics for high throughput sequencing. Springer Science & Business Media, 2011.
2. Briefings in Bioinformatics, Oxford Journals, ISSN 1467-5463
3. Bioinformatics, Oxford Journals, ISSN 1367-4803
4. BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + FN * 0.50
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + BUT * 0.50

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar