Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 6133	Biyoinformatikte Veri Becerileri	SEÇMELİ	3	0	0	12

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Amacı

Bu ders öğrencilere biyolojik veri analizi için komut dosyası ve programlama becerileri kazandırmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Linux komut satırı ile çalışabilmek
2	Bash komut dosyalarını geliştirebilmek
3	Biyolojik veri analizi için R programlama dilini kullanabilme
4	R programlama dili ile yararlı bilgileri elde etmek için programlı olarak genel kullanıma açık veritabanlarına erişebilmek.
5	Bash veya R programlama ile biyolojik veri analizi için kod geliştirebilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatiğe giriş
2	Bir biyoinformatik projesi oluşturma ve yönetme
3	İyileştirici unix kabuğu
4	Uzak makinelerle çalışma
5	Araştırmacılar için Git
6	Biyoinformatik veriler
7	Unix veri araçları
8	R programlama dili
9	ARA SINAV
10	Aralık verileriyle çalışma
11	Dizi verileriyle çalışma
12	Hizalama verileriyle çalışma
13	Biyoinformatik kabuk komut dosyası oluşturma, analiz hatları yazma ve paralelleştirme görevleri
14	Bellek yetersiz yaklaşımlar
15	Tartışma
16	Ödev sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Bioinformatics Data Skills: Reproducible and Robust Research with Open Source Tools Book by Vince Buffalo

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + FN * 0.50
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + BUT * 0.50

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Teorik bilgiler sınav ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	3	42
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	14	8	112
Ödev Hazırlama	4	20	80
Sunum Hazırlama	1	15	15
Vize Sınavına Hazırlık	1	20	20
Final Sınavına Hazırlık	1	30	30
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			304

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8
ÖK.1	5
ÖK.2	5
ÖK.3	5
ÖK.4	5
ÖK.5	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI