Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
BİY 4120	Moleküler Filogenetik	SEÇMELİ	2	2	0	5

Dersi Veren Birim

Biyoloji

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. KAMİL CANDAN

Dersi Alan Birimler

Biyoloji

Dersin Amacı

Moleküler düzeydeki değişimleri takip ederek türler arası akrabalık ilişkilerini ortaya koymaktır. Ayrıca bir yandan evrimsel değişimin boyutunu tespit etmeyi diğer yandan ise genetiksel soy hatları arasındaki evrimsel örüntülerin ortaya çıkarılmasını amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Moleküler düzeyde evrimsel değişimi anlamak
2	Moleküler veri setlerinin temel özelliklerini kavramak
3	Filogenetiksel çıkarımın mantığını kavramak
4	Filogenetik analiz yöntemleri ile ağaç topolojisi oluşturmak
5	Gen ve tür ağacı analizlerini tanımak
6	Genetiksel soy hatlarının ayrılma zamanlarını hesaplayabilmek
7	Temel evrimsel örüntülerin moleküler izlerini takip edebilmek

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Moleküler filogenetiğin tanımı ve kapsamı
2	Moleküler evrimin temel kavramları
3	Moleküler evrimin temel kavramları
4	Veri bankalarının kullanımı ve veri setlerinin oluşturulması
5	Veri setlerinin hizalanması ve analize hazır hale getirilmesi
6	Evrim modellerinin tespiti
7	Genetik uzaklığın tespiti
8	Genel tekrar
9	Filogenetik yaklaşım uygulamaları: Neighbor-Joining, Maximum Likelihood
10	Filogenetik yaklaşım uygulamaları: Maximum Parsimony, Bayesian Inference
11	Filogenetik ağaç topolojilerinin güvenirliklerinin test edilmesi
12	Tür ağacı analizleri
13	Moleküler saat analizi
14	Kompleks evrimsel ilişkilerin network analizleri ile keşfedilmesi

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Lemey P., Salemi M., and Vandamme A. 2009, The Phylogenetic Handbook, Cambridge University Press.
Felsenstein F. 2004, Inferring Phylogenies, Sinauer Associates, Inc.
Hall B.G., 2011, Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Sinauer Associates, Inc.
Konuyla ilgili örnek bilimsel makaleler

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum, konu anlatımı, makale tartışma, soru ve cevap tekniği.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	FN	Final
3	BNS	BNS	VZ * 0.40 + FN * 0.60
4	BUT	BÜTÜNLEME
5	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	VZ * 0.40 + BUT * 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenci ara sınav ve yarıyıl sonu sınavında sorulacak sorular ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saati ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

cetin.ilgaz@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	2	28
Uygulama	14	2	28
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	14	4	56
Vize Sınavına Hazırlık	1	6	6
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			133

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.7	PK.12	PK.13	PK.14
ÖK.1	5	4		3			4	5
ÖK.2	4	4	5	4		4
ÖK.3	5	4	5	4			4
ÖK.4	4	5	5	4	4	5			4
ÖK.5	4	5	5	4	4	5			4
ÖK.6	4	5	5	4	4	5			4
ÖK.7	5	4		3	4	4	4	5	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI