Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
TRO 6025	Proteomikler	SEÇMELİ	5	0	0	8

Dersi Veren Birim

Translasyonel Onkoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

Dersi Alan Birimler

Kanser Epidemiyolojisi Doktora
Translasyonel Onkoloji Doktora

Dersin Amacı

Bu dersin amacı proteomik alanı tanıtmak, Proteom analizlerinin önemini kavratmak ve proteomik teknikler hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	1. Proteomik yöntemleri bilir.
2	2. Kanserde uygulanan proteomik yöntemleri literatürden okuyarak anlayabilir.
3	3. Proteomik biyoinformatiklerin neler olduğunu bilir.
4	4. Kanser proteomiklerinin tanısal önemini kavrar

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Dersin tanımı ve genel kavramlar	Matriks destekli lazer dezorpsiyo iyonizayon-uçuş zamanlı (Maldi-tof)-MS
2	Proteom tanımı ve proteom uygulamalarından örnekler	Translasyon sonrası modifikasyonların belirlenmesi, Amino asit sırasının belirlenmesi: Edman degredasyonu
3	Protein temel yapı fonksiyonları	FT-IR Kızıl ötesi spektroskopisi
4	İki boyutlu elektroforezde birinci boyut: İzoelektrik odaklama ve SDS-PAGE	Antikor Temelli Proteomikler
5	Proteinlerin görünür hale getirilmesi	Proteomik biyoinformatikleri
6	Protein zenginleştirme yöntemleri
7	MS de örnek hazırlama
8	Jel içinde parçalama
9	Proteinlerin kütle spektrometrisi (MS) ile analizi
10	Elektrospray iyonizasyon (ESI)-MS, Ardışık MS (Tandem MS)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. The Protein Protocols Handbook, J. M. Walker Ed, Humana Press, 2002
2.Proteins and Proteomics: A Laboratory Manuel, R.J. Simpson, Cold Spring Harbor, 2003
3.Cell Biology: A Laboratory Handbook,. Ed. E J Celis, 1994, Academic Press,California.
4.The human keratinocyte two-dimensional protein database (update 1994): Towards an integrated approach to the study of cell proliferation, differantiation and skin diseases Celis J.E., Rasmussen H.H., Olsen E., Madsen P., Leffers H., Honore B., Dejgaard K., Gromov P., Vorum H., Vassilev A., Baskın Y., et all. Electrophoresis 1994 nov.; 15,1349-1458.
5.Clinical Proteomics of Breast Cancer Yasemin Baskın, Türkan Yiğitbaşı. Current Genomics, 2010, 11,528-536.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik derslerin yapılması, Test sınava hazırlanma, ödev hazırlama,

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Ara Sınav
2	PO	Performans/Ödev
3	FN	Final
4	BNS	Başarı	VZ * 0.20 +PO * 0.20 + FN* 0.60
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.20 + PO * 0.20 + BUT* 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenme çıktıları ara ve final sınavında klasik yazılı uzun cevaplı sorular ile değerlendirilecektir. Ödev ile pekiştirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

yasemin.baskin@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Pazartesi 12.30-13.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	5	75
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	2	30
Vize Sınavına Hazırlık	5	4	20
Final Sınavına Hazırlık	4	4	16
Ödev Hazırlama	5	6	30
Sunum Hazırlama	5	6	30
Final Sınavı	1	1	1
Vize Sınavı	1	1	1
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			203

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.7	PK.10	PK.11
ÖK.1		4
ÖK.2	4	4	4	4
ÖK.3		4
ÖK.4		4	4	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI