• ANASAYFA
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim - Adres
  • Genel Bilgi
  • Üniversite Yönetimi
  • Akademik Takvim
  • Derece Programları
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • Genel Kabul ve Kayıt Koşulları
  • Kredi Hareketliliği ve Önceki Öğrenmenin Tanınması
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
  • İletişim
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Uluslararası Öğrenciler için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları ve Kulüpler
  • İzmir-Türkiye Hakkında
• ULUSLARARASI İLİŞKİLER
  • Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
  • Kayıt İşlemleri
  • Anlaşmalar
  • Koordinatörler
  • Belgeler
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • AKTS/DE Etiketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS TRO 6017 Kanser Araştırmalarında Biyoinformatik SEÇMELİ 1 0 0 3

Dersi Veren Birim

Translasyonel Onkoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

Dersi Alan Birimler

Temel Onkoloji Doktora Temel Onkoloji Bütünleşik Doktora Translasyonel Onkoloji Doktora Translasyonel Onkoloji Bütünleşik Doktora

Dersin Amacı

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Biyoinformatik hakkında bilgi sahibi olmak 2   Kanser araştırmalarında biyoinformatik yöntemler hakkında bilgi sahibi olmak. 3   Biyolojik diziler, seri veri tabanları ve hizalamalar hakkında bilgi sahibi olmak 4   Yapı ve domain veri tabanları hakkında bilgi sahibi olmak 5   Yolak ve süreç veri tabanları hakkında bilgi sahibi olmak

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 Biyoinformatik nedir Kanser araştırmalarında kullanım alanları 2 Biyolojik diziler; nükleotid sıralama yöntemleri (Sanger dideoxy yöntemi, kromozom yürüme, otomatik dizge), sekans tipleri (örneğin, gen, transkript, EST), protein sıralama yöntemleri (Edman bozulması, kütle spektrometre) 3 Seri veritabanları: Veritabanı türleri (nükleotid vs amino asit,) GenBank, NCBI Entrez, Refseq, SwissProt 4 Seri arama ve hizalama: hizalama modelleri ve maliyet fonksiyonları, küresel / yarı-küresel / yerel uyum, protein benzerlik matrisleri (PAM ve BLOSUM), tam hizalama algoritmaları, BLAST algoritması, genom ölçekli uyum, uyum istatistikleri, çoklu diziler + Filogenetik 5 NCBI BLAST Araçları: nükleotid-nükleotid, protein-protein ve nükleotid-protein BLAST çeşitleri, PSI-BLAST ve CLUSTALW ile çoklu uyum. 6 Protein yapısı ve etki alanları: yapısal hiyerarşi,yapı tayini (X-ray, NMR) yöntemleri, protein etki,uyum ve yapı arama 7 Yapı ve Domain Veritabanları: Protein Data Bank (PDB) Proteinler (SCOP), yapısal ve etki alanı veritabanları (Pfam, Interpro, ProDom) 8 Genom Dizileme ve yapı analizleri: 9 Genom Tarayıcılar ve Veritabanları 10 Genetik değişim ve hastalıkları: yaygın genetik varyasyonlar (RFLPs, SNP, kopya sayısı değişimleri, yapısal varyasyonlar), 11 Varyasyon veritabanları, fenotip bağlantıları dbSNP, PopSet, HapMap, (OMIM, OMIA, phenotypes in model organism databases) 12 expression clustering (hierarchical, k-means), expression statistics (t-test, PAM, SAM) 13 Gen ve protein ekspresyonu (microarrays, rtPCR, 2D-PAGE, mass spectrometry),Ekspresyon veritabanları Entrez GEO, GENSAT, Swiss 2D-PAGE 14 Ağ ve yolak analizleri 15 Yolak ve Süreç Veritabanları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

İlan Edilecektir.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik derslerin yapılması, Test sınava hazırlanma, ödev hazırlama,

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL 1 PO Performans/Ödev 2 FN Final 3 BNS Başarı PO * 0.40 +FN*0.60 4 BUT Bütünleme Notu 5 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu PO * 0.40 + BUT*0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

İlan Edilecektir.

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Ders Anlatımı 15 1 15 Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 15 4 60 Final Sınavı 1 1 1 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 76

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 PK.9 PK.10 PK.11 PK.12 ÖK.1 5 ÖK.2 5 ÖK.3 5 ÖK.4 5 ÖK.5 5