Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
ONK 6106	Sıvı Biyopsiler	SEÇMELİ	1	0	0	3

Dersi Veren Birim

Temel Onkoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. ZEKİYE SULTAN ALTUN

Dersi Alan Birimler

Temel Onkoloji Doktora

Dersin Amacı

Onkoloji alanında ki yeni gelişmeler ışığında sıvı biyopsiler ve kullanım alanları hakkında temel bilgilerin kazanılması ve konu ile ilgili yapılacak proje ve bilimsel çalışmaların sürdürülebilmesidir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Sıvı biyopsileri ve kanser ilişkisini güncel temel bilgiye sahip olarak ifade edebilir.
2	Sıvı biyopsiler ve kanser ile ilişkisinin biyolojisi ve kanser biyolojisi konusunda bilgi sahibi olur ve genel hatlarıyla bu konuları kavrar
3	Sıvı biyopsiler ve kanser ile ilişkisi konusunda laboratuvarda kullanım alanlarını ve bu biyopsilerin analiz basamakları ile ilgili bilgi sahibi olur ve genel hatlarıyla bu konuları kavrar.
4	Sıvı biyopsiler ve kanser ile ilişkisini kanseri ilgilendiren problemlerin tanısı, tedavisi veya önlenebilmesi amacıyla kullanabilir, ilgili çalışmaları araştırabilir, sorgulayabilir ve/veya uygulayabilir olması.
5	Sıvı biyopsiler ve kanser ile ilgili ihtiyaçlarını belirleyebilme ve bu doğrultuda projeler oluşturabilme yeteneklerine sahip olması ve ulusal/uluslararası projelerde araştırmacı olarak rol alması, çalışmaları sorgulayabilmesi ve interdisipliner araştırmalar yapması

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Sıvı biyopsilere giriş	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
2	Sıvı biyopsi kaynakları ve içerikleri	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
3	Dolaşan Tümör hücreleri ve moleküler özellikleri	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
4	Ekstrasellüler veziküller ve Moleküler Özellikleri	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
5	Serbest Tumör DNAsı ve Kanser	Prof. Dr. Safiye Aktaş
6	Serbest Tumör ilişkili RNAlar ve kanser	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
7	Serbest Tumör ilişkili kodlamayan RNAlar ve kanser	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
8	Sıvı biyopsi analiz methodları	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
9	Sıvı biyopsilerde Sekanslama ile ultrasensitif mutasyon tespiti	Prof. Dr. Safiye Aktaş
10	Sıvı Biyopsi çalışmalarında PCR temelli analizler	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
11	Sıvı Biyopsilerde protein temelli analizler	Prof. Dr. Hilal Koçdor
12	Sıvı Biyopsilerde transkriptomik analizler	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
13	Sıvı biyopsi ile işkili veri analizi ve yorumlanması	Prof. Dr. Zekiye S. Altun
14	Sıvı Biyopsilerin kanserde klinik kullanımı	Dr. Öğr. üyesi Gökçen Şimşek
15	Kanserde sıvı biyopsi temelli tedaviler	Dr. Öğr. üyesi Gökçen Şimşek

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Cancer: Principles and Practice of oncology, 12th Edition, DE vita ,
Referanslar:
Diğer ders materyalleri: Medline, Embase, Web of Science ve diğer akademik tarama ortamları
Altun ZS. Rna dan Ve Proteoformlara Temel Araştirma Yöntemleri. Klinisyenler İçin Temel Onkoloji. 1. Baskı. Ankara: Türkiye Klinikleri; 2021. p.102- 5. 2021 e-Isbn: 978-625-401-395-9. Alix-Panabieres, C., and Pantel, K. (2014). Technologies for detection of circulating tumor cells: facts and vision. Lab on a chip 14, 57-62.
Ashworth, T.R. (1869). A case of cancer in which cells similar to those in the tumours were seen in the blood after death. Australian Medical Journal, 146-147.
Banys, M., Neubauer, H., Ruckhaeberle, E., and Fehm, T. (2014). Expression of Stem Cell and Epithelial-Mesenchymal Transition Markers in Circulating Tumor Cells of Breast Cancer Patients. BioMed research international.
Butler, T.P., and Gullino, P.M. (1975). Quantitation of cell shedding into efferent blood of mammary adenocarcinoma. Cancer research 35, 512-516.
Coumans, F.A., Siesling, S., and Terstappen, L.W. (2013). Detection of cancer before distant metastasis. BMC cancer 13, 283.
Fidler, I.J. (1970). Metastasis: guantitative analysis of distribution and fate of tumor embolilabeled with 125 I-5-iodo-2'-deoxyuridine. Journal of the National Cancer Institute 45, 773-782.
Fidler, I.J. (1973). The relationship of embolic homogeneity, number, size and viability to the incidence of experimental metastasis. European journal of cancer 9, 223-227.
Friberg, S., and Mattson, S. (1997). On the growth rates of human malignant tumors: implications for medical decision making. J Surg Oncol 65, 284-297.
Yu, M., Bardia, A., Aceto, N., Bersani, F., Madden, M.W., Donaldson, M.C., Desai, R., Zhu, H., Comaills, V., Zheng, Z., et al. (2014). Ex vivo culture of circulating breast tumor cells for individualized testing of drug susceptibility. Science 345, 216-220.Zhu L, Sun HT, Wang S, Huang SL, Zheng Y, Wang CQ, Hu BY, Qin W, Zou TT, Fu Y, Shen XT, Zhu WW, Geng Y, Lu L, Jia HL, Qin LX, Dong QZ. Isolation and characterization of exosomes for cancer research. J Hematol Oncol. 2020 Nov 10;13(1):152. doi: 10.1186/s13045-020-00987-
Husemann, Y., Geigl, J.B., Schubert, F., Musiani, P., Meyer, M., Burghart, E., Forni, G., Eils, R., Fehm, T., Riethmuller, G., et al. (2008). Systemic spread is an early step in breast cancer. Cancer cell 13, 58-68.
Jin, C., McFaul, S.M., Duffy, S.P., Deng, X., Tavassoli, P., Black, P.C., and Ma, H. (2014). Technologies for label-free separation of circulating tumor cells: from historical foundations to recent developments. Lab on a chip 14, 32-44.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik ders anlatımı, konuların ders içi etkinliklerle, bilimsel literatür, sunum ve ödevlerle pekiştirilmesi ve tartışılması. Öğrencilerin ayrıca Sıvı biyopsiler ve kanser konusu ile ilgili araştırma önerisi hazırlayarak sunmaları gereklidir.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Ara Sınav
2	PRJ	Proje
3	FN	Final
4	BNS	Başarı	VZ* 0.30 + PRJ * 0.30 + FN* 0.40
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ* 0.30 + PRJ * 0.30 + BUT* 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Doktora öğrencileri sıvı biyopsi ile ilgili dersler ve literatür vs tartışmalarına aktif olarak katılmalı. Öğrenciler sıvı biyopsiler ve kullanım alanı ile ilgili sınav olarak konu ile bilgileri değerlendirilecektir. Bunun yanında Sıvı biyopsiler ve kanser ile ilgili güncel konuları içeren kendisinin yazdığı ve gerçekte uygulanabilir bir araştırma oluşturarak sunmalıdır.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

e-posta: zekiye.altun@deu.edu.tr, Tel: +90(232)4128204

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Salı günleri saat: 13.00-13.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	1	15
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	3	45
Vize Sınavına Hazırlık	1	4	4
Ödev Hazırlama	1	5	5
Sunum Hazırlama	1	5	5
Vize Sınavı	1	1	1
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			75

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.8	PK.9	PK.10	PK.11
ÖK.1	5	4	4	5	5		5			5	4
ÖK.2	4	5	4	5		5			5	4	5
ÖK.3	5		5			5	4	5	5	5
ÖK.4			5			5	5	5	4
ÖK.5	5	4	4			5	5	5	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI