Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
TBG 6101	Moleküler Biyoloji ve Hücre Biyolojisi Yöntemleri II	SEÇMELİ	2	2	0	9

Dersi Veren Birim

Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. HAKKI OGÜN SERCAN

Dersi Alan Birimler

Odyoloji Doktora
Laboratuvar Hayvanları Bilimi Doktora
Anatomi Doktora
Moleküler Patoloji Doktora
Egzersiz Fizyolojisi Doktora
Toksikoloji Doktora
Biyokimya Doktora
Biyomekanik Doktora
Histoloji - Embriyoloji Doktora
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora
Biyofizik Doktora
Fizyoloji Doktora
Translasyonel Onkoloji Doktora
Tıbbi Parazitoloji Doktora
Mikrobiyoloji Doktora
Farmakoloji Doktora
Temel Sinirbilimler Doktora
Moleküler Tıp Doktora
Translasyonel Onkoloji Bütünleşik Doktora
Moleküler Tıp Bütünleşik Doktora

Dersin Amacı

1- öğrencilerin hücre biyolojisi temelli araştırmalarda kullanılan temel yöntemlere yönelik bilgi ve becerilerinin artırılmasıdır.
2- Ökaryot hücrede bulunan proteinlerin miktarını, yerleşimlerini ve işlevlerini saptamaya yönelik temel güncel teknikler ile ilgili bilgi/becerilerin geliştirilmesi

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Ökaryotik hücre özellikleri, doku ve çeşitleri, farklı dokuların genel histolojik özellikleri, in vitro koşullarda üretilen primer ve immortal hücrelerin genel özelliklerini bilir (B2)
2	Hücre ayrımlaşmasının temel prensiplerini bilir (B2)
3	Hücre içi yapıları tanır (B3)
4	Hücre ve hücre içi komponentleri farklı mikroskobik yollarla, farklı düzeylerde görüntüleyebilir (B3)
5	Kültürde üretilen hücrelerde, proliferasyon, farklılaşma, yaşlanma ve ölümü analizleri yapabilir (B3)
6	Son-nokta ya da gerçek zamanlı hücre adhezyon and motilite deneyleri yapabilir (B3)
7	Verileri analiz edebilir ve sunabilir(B3)
8	Protein incelemelere yönelik temel yöntem bilgisine sahiptir
9	Hücreden total protein izolasyonu ve izolasyon sonrası miktar tayinlerini yapabilir
10	Protein-protein etkileşimlerini incelemede kullanılan temel yöntemleri anlatabilir ve uygun yöntem seçebilir
11	Hücresel proteinlerin lokalizasyonunu belirlemeye yönelik temel teknikleri bilir.
12	Gen ekspresyonu protein düzeyinde western blotlama ve immunoboyama yöntemleri ile belirleyebilir
13	Protein dizi veri tabanlarını ( Uniprot-KB: SWISS-PROT, TrEMBL, PIR-PSD) kullanabilir
14	Protein fonksiyonlarının tahmininde kullanılan biyoinformatik araçları bilir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	temel hücre kültürü yöntemleri (hucre ekimi, sayimi, dondurma, çözme)
2	mikroskopi (light, DIG, floresan, faz kontrast, konfokal, elektron)
3	hücre içi yapıların fraksinizasyonu
4	canlılık, proliferasyon, senescence ve hücre olumu analizleri
5	adhezyon, motilite, invazyon analizleri
6	hücre ayrımlaşması (faks, magnetik separasyon)
7	transfeksyon
8	Gen ekspresyon analizleri (Reporter Assays, immunoblot, immunoboyama)
9	hücreden protein izolasyonu ve miktar tayini, hücresel lokalizasyonun belirlenmesi
10	Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down assays, FRET, PLA )
11	Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down assays, FRET, PLA)
12	proximity ligation assay, in silico yöntemler.
13	Proteomics
14	in silico analizleri
15	fonksiyonel ve kantitatif analizler (Mass-spect., SILAC)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: "Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, Online ISBN: 9780471142720", "Methods in Cell Biology"

Yardımcı kaynaklar:
http://homepages.gac.edu/~cellab/contents.html
http://www.protocol-online.org/prot/Cell_Biology/

Referanslar: Cell, Science, Nature, Nature Methods.vb dergilerdeki ilgili makaleler

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum: Teorik bilgiler sunum olarak öğretim üyeleri tarafından verilecektir
Laboratuvar Uygulaması: Her yöntem ile ilgili yapılacak laboratuvar uygulamasına aktif olarak katılım, kullanılan yöntem ve/veya cihaz ile ilgili bilgisayar programının kullanımı
Derse katılım: Derste tartışmalara katılım değerlendirilecektir

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Ara Sınav
2	FN	Final
3	BNS	Başarı	VZ * 0.40 + FN* 0.60
4	BUT	Bütünleme Notu
5	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.40 + BUT* 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

* Kavram haritalarının oluşturulması, oturumlarda belirlenen hedefleri öğrenmek üzere yapılan hazırlıklar değerlendirilecektir.
** Her öğrenci için bir teorik teknik proje ödevini tamamlaması beklenmektedir.
*** Olgu tartışma oturumlarında tartışmaya katılımları değerlendirilecektir.

Değerlendirme Kriteri

Sınavlarda, sorulara en az %75 oranında doğru yanıt verilmiş olması başarı ölçütüdür.
Ödevlerde; öğrencinin yaklaşımının doğruluğu, gözlem ve analiz yeteneği, orijinalliği dikkate alınarak notlandırılacak ve en az %75 alınması başarı ölçütü olacaktır.
Derse katılımda olguları aktif olarak tartışabilme, seminer sunumu, sentez analiz yeteneği kavram haritaları incelenerek değerlendirilecektir. En az %75 kavramı bağlantıları ile ilişkilendirilmesi başarı ölçütü olacaktır.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

TBG 6100 Moleküler Biyoloji ve Hücre Biyolojisi Yöntemleri 1 dersini başarı ile tamamlamış olmak.
Derse kabul edilecek maksimum öğrenci sayısı 4'dür.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

(232) 412 46 00 ogun.sercan@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Perşembe günleri 15:30-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	2	28
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	3	45
Vize Sınavına Hazırlık	1	9	9
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Ödev Hazırlama	4	10	40
Kavram Haritası Hazırlama	5	10	50
Makale Hazırlama	5	10	50
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			237

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.4	PK.5
ÖK.1	1
ÖK.2	1
ÖK.3	1
ÖK.4	1
ÖK.5	1
ÖK.6	1	2
ÖK.7	1	2
ÖK.8		2
ÖK.9			4	5
ÖK.10
ÖK.11
ÖK.12
ÖK.13
ÖK.14

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI