Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
BYL 5089	Genomik Veri Analizleri	SEÇMELİ	2	2	0	5

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN

Dersi Alan Birimler

Biyoloji Doktora
Biyoloji Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Dersin amacı Yüksek lisans ve doktora öğrencilerine biyoinformatik ve genom veri analizi yeteneği kazandırmak, DNA ve Protein dizi analizi yöntemlerini göstermek, disiplinler arası çalışmaları teşvik etmek ve DNA-Protein veri analizi için hazırlanmış paket programların kullanımını göstermek, örnek analiz yöntemlerini gerçekleştirmektir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	1. Biyoinformatiğin (disiplinler arası bilimin) ana hatlarını tarif edebilir.
2	2. Genom projelerinin ortaya çıkışı ve geliş sürecini, insanlığa olan yararlarını söyleyebilir.
3	3. DNA ve Protein dizilerinin nasıl elde edildiğini örneklerle açıklayabilir.
4	4. DNA dizilerinin incelenmesi sırasında kullanılan ChromasLite paket programını kullanıp dizileri düzeltebilir ve analizler için hazır hale getirebilir.
5	5. Clustal X paket programı kullanarak çift ve çoklu DNA ya da Protein dizilerinin eşleştirmesini kendi başına yapabilir.
6	6. GenBankasını kullanarak BLAST yapabilir, elde ettiği DNA ya da Protein dizilerini GenBank tan alabilir ve analizlerde kullanabilir.
7	7. Farklı paket progamlar kullanarak gerek DNA gerekse Protein dizilerinin analizlerini gerçekleştirebilir.
8	8. Makale hazırlaması sırasında elde ettiği verileri kendi başına analiz edebilir ve sonuçlarını yorumlayabilir.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Moleküler Biyoloji genel tanımlar ve biyoinformatik: Genel Moleküler Biyolojik terminolojinin tekrarı ve biyoinformatiğe giriş
2	Genom Projeleri ve DNA dizi analizi: Genom projelerinin ortaya çıkışı, İnsan genom projesi, DNA dizi yöntemleri.
3	DNA Dizi veri tabanları: GenBank, DDJB, EMBL veri tabanları, veri tabanlarından DNA dizi alınması ve dizi depolanması.
4	Protein Dizi veri tabanları: Protein verileri, birincil, ikincil, üçüncül yapılar, motifler ve bunların bulunduğu veri tabanları SWISSPROT, PDB.
5	GenBank: Veri tabanları hakkında genel bilgiler, veri tabanlarında verilere ulaşım ve Dizi depolanması sırasında kullanılacak programların kullanımı, örnek Sequin ile dizi depolanması
6	ChromasLite ile kromatogram dosyalarının incelenmesi ve dizilerin yeniden düzenlenmesi: DNA dizi kromatogram dosyalarının açılması ve incelenmesi. DNA dizilerinin kontrol edilmesi, Ters eşlenik ve FASTA dosyalarının oluşturulması
7	Clustal X ile dizilerin eşleştirilmesi: Gerek DNA gerekse protein dizilerinin tekli ya da çoklu olarak eşleştirilmesi (pairwise-multiple sequence alignment)
8	BLAST (Basic Local Alignment Search Tool): GenBank veri tabanında dizilerin araştırılması ve benzer dizilerin tespit edilmesi
9	Protein 3-D yapıları: Visualization programları ile değişik 3 boyutlu protein verilerinin gözlenmesi, Ras Mol programı ve kullanımı
10	Filogeni oluşturulması: Farklı veriler kullanılarak uzaklıkların belirlenmesi ve genetik ilişkilerin ortaya çıkarılmasında kullanımı
11	MEGA (Molecular Evolutionary Genetic Analysis): DNA ve Protein dizilerinin analizinde kullanılan bilgisayar paket programının kullanımı
12	Veri analizleri: Örnek verilerin MEGA programı ile analizinin gerçekleştirilmesi
13	Program Sonuçlarının yorumlanması: Örnek DNA ve Protein dizilerinin analiz sonuçların yorumlanması
14	Bilimsel makale incelemesi ve örnek çalışmalar: Bilimsel Makalelerde kullanılacak veri analiz yöntemlerinin uygulanması ve sonuçlarının değerlendirilmesi

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

- Claverie, J.M., Notredame, C. 2007. Bioinformatics for DUmmies.2nd Edition. Wiley Publishing Inc. 436 p.
- Baxevanis, A.D., Oullette, B.F.F. 2001. Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Edition. Wiley-International. 470 p.
- Mount, D.W., 2005. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
- Deonier, R.C., Tavare, S., Waterman, M.S. 2006. Computational Genome Analysis: An Introduction. Springer Verlag.
- Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S., 2007. MEGA 4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0.
- Swofford, D.L. 1998. PAUP, Phylogenetic analysis using parsimony, version 4.0b10 Sinaeur Associates, Sunderland, MA.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum, konu anlatımı, makale tartışma, soru ve cevap tekniği

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ARS	ARASINAV
2	YSS	YIL SONU SINAVI
3	YSBN	YIL SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.40 + YSS * 0.60
4	BUT	BÜTÜNLEME
5	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.40 + BUT * 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenci ara sınav ve yarıyıl sonu sınavında sorulacak sorular ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saati ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

eposta: ergin.sahin@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	2	28
Uygulama	14	2	28
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Vize Sınavına Hazırlık	1	6	6
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	13	4	52
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			129

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.5	PK.6	PK.7
ÖK.1	5	5	4	4	5
ÖK.2	4	4	4	5	4
ÖK.3	5	4	4	4	5
ÖK.4	4	4	5	5	5
ÖK.5	4	4	5	5	5
ÖK.6	4	5	4	5	4
ÖK.7	5	5	5	4	5
ÖK.8	5	5	5	4	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI