Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
BYL 5080	Biyoteknolojide Moleküler Araçların Kullanımı	SEÇMELİ	2	2	0	5

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN

Dersi Alan Birimler

Biyoloji Doktora
Biyoloji Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyoteknoloji ve uygulama alanlarını öğretmek.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	1. Biyoteknolojinin önemini, tanımını ve kullanım alanlarını öğrenir.
2	2. Biyoteknolojide kullanılan rekombinant DNA teknolojilerini ve genetik yöntemleri bilir.
3	3. Gen klonlamasında kullanılan vektör sistemlerini, konakları ve klonlama stratejilerini öğrenir.
4	4. Biyoteknolojiyi genomik ve proteomik ile ilişkilendirir.
5	5. Gen mühendisliğinin biyoteknolojiye kazandırdığı yeni boyutlar hakkında bilgi edinir.
6	6. Biyoteknojinin uygulama alanları ve ahlaki yönu (etiği) hakkında bilgi sahibi olur.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoteknoloji, Genetik Mühendisliği, Moleküler Biyoloji ve Rekombinant DNA teknolojisi terimlerinin tanımı, Rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan model organizmalar, Genetik mühendisliği ile gen manipulasyonlarının temelini oluşturan yöntemlere giriş, Restriksiyon modifikasyon sistemleri, çeşitleri ve kullanım alanları Klonlama konakları ve klonlamada kullanılan vektör sistemleri
2	1. nesil Plazmid vektörler (PBR322), Yeni nesil Plazmid vektörler (Puc18), Ti plazmid vektörü, Yer değiştirme vektörleri olan Lamda bakteriyofaj vektörleri (Charon 4A ve 16), Faj M13 vektörü (M13mp18), Kozmidler (pJB8)
3	Bakteriyel Yapay Kromozomlar (pBAC 108L), Maya Yapay Kromozomlar (pYAC3), Mekik vektörler, Füzyon vektörler, Ekspresyon (ifade) vektörleri (pse420, pet
4	Retroviral vektörler (MLV ve SAX), Adenoviral vektörler ve Baculovirus ekspresyon vektör sistemi (BEVS), Vektör sistemlerinin karşılaştırılması, Memeli ve bitkisel konak hücrelerine gen aktarımı
5	Raportör genler, DNA diizilemesi, hibridizasyon, gen çipleri, PCR ve Southern Blotting tekniklerini kullanarak doğru gen klonunu bulma, Prokaryotlarda gen aktarım mekanizmaları (Konjugasyon, transdüksiyon, transformasyon, transpozisyon ve elektroporasyon yöntemleri), Transformasyondan önce kompetent E.coli yapımı
6	Poliakrilamid ve agaroz jel elektroforezi ile DNA ve proteinlerin ayrıştırılması, Restriksiyon kesimi ile bir genin restriksiyon haritasının çıkarılması
7	Primer ve prob yapımında katı faz yöntemiyle DNA nın kimyasal sentezi, Klonlamada Southern blotting yönteminin kullanılması, Polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları
8	Sanger dideoksi nükleotid yöntemiyle metodu ile DNA dizi analizi, Gen klonlama, lambda fajı veya plazmid bir vektörle klonlama stratejileri ve kullanım amaçları, Nükleik asit probu ile klon seçimi
9	Reverse transkripsiyon ile cDNA sentezi, Genomik kütüphaneler veBir genomu taşıyabilmek için gereken klonların sayısı, Kromozom ve cDNA kütüphaneleri, Transkriptom ve cDNA ile gen çipleri ile kullanım alanları, DNA dizilemesi ve biyoinformatik
10	Filogenetik analizlerle genlerin evrimsel uzaklıklarının belirlenmesi, Tüm Genom dizilemesi yaklaşımları (klon-klon yöntemi, rastgele atış-shotgun yöntemi), Genom, Proteom, Transkriptom, Biyoinformatik, Genomik (Yapısal, işlevsel ve karşılaştımalı genomik) ve Proteomik (2-D jel elektroforezi ve Maldi-Toff analizleri)
11	Gen terapisi çalışmaları ve gelecekte gen terapide kullanım potansiyeli olan yeni viral vektörler, Hastalıkların teşhisinde ve mutant genotiplerin saptanmasında biyoteknolojik yaklaşımlar, Rekombinant İlaçlar ve İnsülin sentezi, Rekombinant aşılar, DNA aşıları, Yenilebilir aşılar
12	CRISPR genom düzenleme araçları ve biyomühendislik, tıp, veterinerlik ve ziraatteki kullanım alanları
13	Memelilerde zigota gen klonlama ve ilk klon koyun Dolly, GDO lu (Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar) canlılar, Transgenik hayvanlar, pharming (eczacılık hayvanları)
14	Bitkilerde ve kurbağa embriyosunda gen klonlama, Transgenik bitkiler, Tİ-plazmidi İle gen aktarımı, GDO lu zirai bitkiler, Bitki biyoteknolojisinin sonuçları, Biyoteknojinin uygulamaları ve ahlaki yönu (Etiği)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

- "Biyoloji Campbell ve Reece. 9. baskıdan Türkçe çeviri. 2013. Palme yayıncılık.
- Brock, Biology of Microorganisms, 2009. Madigan M.T., Martinko J. M., Dunlap P. V., and Clark D. P. Twelfth Edition, Pearson International Edition, 1301 Sansome Street, San
- Genetik Kavramlar, Klug, W. S., Cumming, M. R. and Spencer, C.A. 2009. Sekizinci baskıdan çeviri, Çeviri Editörü: Prof. Dr. Cihan Öner, Palme Yayınevi, Ankara.
- Lehninger Principles of Biochemistry, Fourth Edition, David L. Nelson and Michael M. Cox ,Copyright 2004 by W. H. Freeman & Company
- Life: The Science of Biology. David Sadava, David M. Hillis, H. Craig Heller, and May R. Berenbaum, 2012-10th edition
- Musunuru, K. (2021). Genome editing: a practical guide to research and clinical applications. Academic Press.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum, konu anlatımı, makale tartışma, soru ve cevap tekniği

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ARS	ARASINAV
2	YSS	YIL SONU SINAVI
3	YSBN	YIL SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.40 + YSS * 0.60
4	BUT	BÜTÜNLEME
5	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.40 + BUT * 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenci ara sınav ve yarıyıl sonu sınavında sorulacak sorular ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saati ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

e-posta: ergin.sahin@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	2	28
Uygulama	14	2	28
Final Sınavına Hazırlık	1	10	10
Vize Sınavına Hazırlık	1	6	6
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	13	4	52
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			129

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.2	PK.3	PK.6
ÖK.1	5	4	4
ÖK.2	4	4	5
ÖK.3	5	4	4
ÖK.4	4	5	5
ÖK.5	4	5	5
ÖK.6	4	4	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI