Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
BİY 2508	Biyoinformatik	ZORUNLU	2	0	0	3

Dersi Veren Birim

Biyoloji (UOLP-Gence Devlet Üniversitesi)

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. KAMİL CANDAN

Dersi Alan Birimler

Biyoloji (UOLP-Gence Devlet Üniversitesi)

Dersin Amacı

Bu ders gelecekteki biyologları biyoinformatik araçlarına ve analiz yöntemlerine tanıtmak için tasarlanmıştır. Kursun tamamlanmasının ardından, öğrenciler önümüzdeki on yıllarda çalışmalarıyla ilgili olacak çok miktarda genomik veri ve çevrimiçi araçla çalışmalarını sağlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Biyoinformatik dizi analizi ve moleküler biyolojinin birçok konusu hakkında bir anlayışa sahip olmak
2	Ortak dizi analizi araçları ve veri tabanlarını kullanarak iyi bir beceri seti ve kapsamlı deneyime sahip olmak
3	Çeşitli dizi analizi problemlerine iyi bir şekilde maruz kalmak ve bunların nasıl çözüleceğini anlamak
4	Kendi sekans analiz problemlerini veya tasarım sekans analiz yazılımlarını çözebilir
5	Öğrendiklerini açık bir şekilde hazırlanmış belgeler veya kısa gösterilerde nasıl aktaracaklarını bilmek

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Giriş
2	Genomik diziler
3	Dizi analizi
4	Veri tabanı araması; BLAST
5	İleri seviye BLAST: PSI-BLAST, Genomik DNA. Bir gen projesi bulma
6	Çoklu dizi hizalama
7	genel tekrar
8	mRNA ve gen ekspresyonu
9	Farklılaşma analizleri ve çoklu testler
10	Dizi varyasyonları ve karşılaştırmalı genomik
11	Moleküler filogeni ve evrim
12	Makale tartışması
13	Makale tartışması
14	Makale tartışması

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Lesk, A.M. 2002. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press. Orengo, C., Jones, D. and Thornton, J. 2003. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers. Garland Science/BIOS Scientific Publishers, New York. Krawetz, S.A. and Womble, D.D. 2003. Introduction to Bioinformatics: a Theoretical and Practical Approach. Claveria JM, Notredame C, Bioinformatic for dummies. 2007. Willey publishing Humana Press, Totowa, New Jersey.Irizarry, R. A. (2017). Data analysis for the life sciences with R. Boca Raton, CRC Press, Taylor & Francis Group. Gentleman, R. (2009). R programming for bioinformatics. Boca Raton, CRC Press. Sinha, P. P. (2014). Bioinformatics with R Cookbook. Packt Publishing Ltd.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Ders, anlatım, sunum ve tartışma formatında öğretilir. Tüm öğrencilerin derslere katılarak, hem anlatım hem de tartışma oturumlarında yer alması gereklidir. Ders programının yanı sıra, grup sunumları o hafta için atanan gruplar tarafından hazırlanacak ve bir tartışma ortamı oluşturulacak şekilde sunulacaktır.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	FN	Final
3	BNS	BNS	VZ * 0.40 + FN * 0.60
4	BUT	BÜTÜNLEME
5	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	VZ * 0.40 + BUT * 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenci ara sınav ve yarıyıl sonu sınavında sorulacak sorular ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Dönem boyunca derslerin %70'ine devam etme sorumluluğu öğrenciye aittir. Ders saatine ve ödev teslimi ile ilgili belirtilen zamana uyulmalıdır. Derslerde ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini http://web.deu.edu.tr/fen adresinden temin edebilirsiniz.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Daha sonra ilan edilecektir.

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri