DERS ADI

: Biyoinformatik İçin Python ve Unix

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
BST 5006 Biyoinformatik İçin Python ve Unix SEÇMELİ 3 0 0 12

Dersi Veren Birim

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Bu ders, öğrencilere Linux ortamının temellerini ve biyolojik veri analizi için programlama becerilerini kazandırmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Linux komut satırı ile çalışabilmek
2   Bash komut dosyalarını geliştirebilme
3   Biyolojik veri analizi için Python programlama dilini kullanabilme
4   Python programlama dili ile biyolojik bilgiyi elde etmek için programlı olarak genel kullanıma açık veritabanlarına erişebilmek
5   Bash veya Python ile biyolojik veri analizi için analiz hatları geliştirebilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Linux ve işletim sistemi
2 Temel komutlar ve bash komut dosyası
3 Metin editörleri, kabuklar, bash ve komut satırı
4 Python dizeleri, metin, sayı, tarih ve saat
5 İteratörler, jeneratörler, dosyalar, g / Ç
6 Fonksiyonlar
7 Modüller ve Paketler
8 Sıra nesneleri ve g / Ç
9 ARA SINAV
10 Çoklu dizi hizalaması ve BLAST
11 BioPython ile kamuya açık veritabanlarına erişme
12 Yol analizi
13 Sekans motifi analizi
14 Kümeleme analizi
15 Denetlenen öğrenme yöntemleri
16 Ödev Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Biopython Tutorial and Cookbook, Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczy ski
2. Beazley, David, and Brian K. Jones. Python cookbook. " O'Reilly Media, Inc.", 2013.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ODV Ödev/Dkat.
2 VZ Vize
3 FN Final
4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5 BUT Bütünleme
6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 14 3 42
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 8 112
Vize Sınavına Hazırlık 1 15 15
Final Sınavına Hazırlık 1 20 20
Ödev Hazırlama 1 50 50
Sunum Hazırlama 1 30 30
Proje Hazırlama 1 15 15
Final Sınavı 1 10 10
Vize Sınavı 1 5 5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 299

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8
ÖK.1555
ÖK.255
ÖK.355
ÖK.45555
ÖK.5555