DERS ADI

: Moleküller Modellemeye Giriş

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
BST 5002 Moleküller Modellemeye Giriş SEÇMELİ 3 0 0 9

Dersi Veren Birim

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin hesaplama teknikleri ile nasıl modellenebileceğinin temellerini anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Yapısal biyolojinin temellerini öğrenme
2   Matematik modellemenin temellerini öğrenme
3   Protein ve nükleik asit modellemeri için web sunucularının nasıl kullanılabileceğini öğrenme
4   Bir in silico deneyini nasıl tasarlanacağını öğrenme
5   In silico deney sonuçlarının nasıl yorumlanacağını öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Protein yapısına giriş
2 Protein katlanmasına ve esnekliğine giriş
3 DNA yapısına ve DNA nın proteinler tarafından tanınmasına giriş
4 RNA yapısına ve RNA nın proteinler tarafından tanınmasına giriş
5 Protein Ailelerine Giriş
6 Deneysel Yapı Belirleme Yöntemleri
7 Hesaplamalı Tekniklerle Yapıların Belirlenmesi
8 Ampirik Kuvvet Alanı Hesapları
9 Potansiyel Enerji Yüzeyleri, Enerji Minimizasyonu Yöntemleri
10 Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri
11 Temel İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri
12 Web sunucuları tarafından homoloji modellemesi
13 Web sunucuları tarafından biyomoleküler yaklaştırma
14 Web sunucuları tarafından Protein Tasarımı
15 Konu tekrarı
16 FINAL SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition
C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ODV Ödev/Dkat.
2 VZ Vize
3 FN Final
4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5 BUT Bütünleme
6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 3 45
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 5 70
Vize Sınavına Hazırlık 1 15 15
Final Sınavına Hazırlık 1 20 20
Ödev Hazırlama 1 50 50
Sunum Hazırlama 1 15 15
Final Sınavı 1 10 10
Vize Sınavı 1 5 5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 230

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8
ÖK.1555
ÖK.25555
ÖK.35555
ÖK.45555555
ÖK.55555555