Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MPT 6006	Moleküler Patolojide Biyoinformatik	SEÇMELİ	2	0	0	6

Dersi Veren Birim

Moleküler Patoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROF. DR. SAFİYE AKTAŞ

Dersi Alan Birimler

Moleküler Patoloji Doktora

Dersin Amacı

Biyolojik örneklerin analizi sırasında ortaya çıkan biyolojik materyallerin içine gömülmüş olan verideki moleküler ve biyolojik bilgiyi ortaya çıkaracak uygulama ve yöntemleri açıklamak amaçlanmaktadır. Geniş bir perspektifle kurs, öğrencilere veri analizini ve bunların klinik uygulamalarını tanıtmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Öğrenciler farklı analiz yöntemleri ile sınıflama, gruplama, analiz ve rapor etmeyi anlayabileceklerdir.
2	Öğrenciler yeni nesil dizileme sistemleri ile elde edilen verideki bilgiyi izleyebileceklerdir.
3	Öğrenciler moleküler patoloji analiz yazılımları ile elde edilen sonuçları yorumlayabileceklerdir.
4	Öğrenciler biyoinformatik analizle elde edilen bilgiyi klinik uygulamalarla bağlantılandırabilecek ve hasta tedavisini iyileştirebileceklerdir.
5	Öğrenciler etik analizi ve veri madenciliği yazılımının değerini kavrayacaklardır.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatik nedir Moleküler Patoloji için Biyoinformatik nedir
2	Veri Tabanlarının Genel Tanıtımı
3	DNA dizilerinde hizalama ve haritalama yöntemleri
4	Dizilemede Biyoinformatik Pipeline
5	Primer oluşturma yöntemleri
6	Onkolojik Patolojide Dizileme için Panel Oluşturma Yöntemleri
7	Dizileme için İdeal Biyoinformatik Programının Özellikleri
8	Önemi bilinmeyen varyantların yorumlanması (Patolog neler yapabilir )
9	DNA-RNA Dizisi-Protein Yapısı ve İşlevsel Öngörü Yöntemleri
10	Dizi Analizi Biyoinformatik Klinikopatolojik Uygulamaları I
11	Dizi Analizi Biyoinformatik Klinikopatolojik Uygulamaları II
12	RNA dizileme için Biyoinformatik
13	In silico analiz yöntemleri DNA
14	In silico analiz yöntemleri RNA
15	Genel Değerlendirme

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Bu kurs için tek bir kitap gerekmemektedir. Dersler ilerledikçe öğrencilere ilgili yayınlar verilecektir.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik sunumlar ve sık teorik bilgilerin uygulamalarına izin veren sık proje görevleri.

Değerlendirme Yöntemleri

İLAN EDİLECEKTİR

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Dersin öğrenme konuları klasik sınav, ödev/sunum ile değerlendirilecektir.

Değerlendirme Kriteri

Dersin öğrenme konuları klasik sınav, ödev/sunum ile değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Prof Dr Safiye Aktaş
safiye.aktas@deu.edu.tr
05055569745

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

cuma 8.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	2	30
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	15	3	45
Final Sınavına Hazırlık	1	45	45
Ödev Hazırlama	1	25	25
Final Sınavı	1	5	5
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.6	PK.7	PK.8	PK.10
ÖK.1		5	5	5
ÖK.2		5	5	5
ÖK.3		5	5	5
ÖK.4		5	5	5
ÖK.5	4	5	5	5	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI