DERS ADI

: Transkriptom Veri Analizi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
MBG 5036 Transkriptom Veri Analizi SEÇMELİ 3 0 0 9

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Transkriptomik verilerin eldesi, işlenmesi, analizi ve yorumlanması için biyoinformatik yöntem ve araçların kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını sağlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Transkriptom dizileme metodolojilerini tanımlamak.
2   Transkriptom veri analizi zorluklarının farkında olmak.
3   Transkriptom veri analizi için uygun hesaplama yöntemini seçebilme.
4   Transkriptom veri analizi için mevcut araçların farkında olmak.
5   Moleküler biyoloji kapsamında transkriptom veri analizi sonuçlarını yorumlamak.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

MBG 5035 - R ile Biyoinformatik Programlama

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Dizileme teknolojilerine genel bakış
2 Transkriptom dizilemenin uygulamaları
3 Transkriptom dizileme için hesaplamalı alt yapı ve temel veri analizi
4 Biyoinformatikçiler için baz çağırma
5 Okuma hizalamanın temelleri
6 Gen ifade miktarı belirleme araçları
7 İfade profilleme- I
8 İfade profilleme- II
9 Ara Sınav
10 RNA dizileme için diferansiyel ekspresyon- I
11 RNA dizileme için diferansiyel ekspresyon- II
12 Zenginleştirme ve yolak analizleri
13 Görselleştirme teknikleri
14 MikroRNA ifade profillemesi ve keşfi
15 Tartışma
16 Ödev Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
1. Rodríguez-Ezpeleta, Naiara, Michael Hackenberg, and Ana M. Aransay, eds. Bioinformatics for high throughput sequencing. Springer Science & Business Media, 2011.
2. Briefings in Bioinformatics, Oxford Journals, ISSN 1467-5463
3. Bioinformatics, Oxford Journals, ISSN 1367-4803
4. BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint eşliğinde teorik sunumlar ve literatür gözden geçirme ve tartışma

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ODV Ödev/Dkat.
2 VZ Vize
3 FN Final
4 BNS FinalSonuBaşarıNotu ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + FN * 0.50
5 BUT Bütünleme
6 BBN BütSonuBasarıNotu ODV * 0.20 + VZ * 0.30 + BUT * 0.50


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan edilecektir

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Lectures 15 2 30
Tutorials 15 1 15
Preparation before/after weekly lectures 15 6 90
Preparation for Mid-term Exam 1 15 15
Preparation for Final Exam 1 25 25
Preparing Individual Assignments 1 15 15
Preparing Group Assignments 1 25 25
Final 1 2 2
Mid-term 1 2 2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 219

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8
ÖK.12
ÖK.22
ÖK.32
ÖK.42
ÖK.52