Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 6108	Genom Bilimlerinde İleri Laboratuvar Teknikleri	SEÇMELİ	3	0	0	12

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora
Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Amacı

Gen fonksiyonlarını analiz etmek için kullanılan laboratuar yöntemleri ve yaklaşımları hakkında derinlemesine bilgi sahibi olmak ve mutasyonların ve varyantların fonksiyonel etkilerini değerlendirmeye yönelik becerileri geliştirmek.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Genomikte kullanılan temel yöntemleri sağlam bir şekilde kavrayabilme
2	Gen fonksiyonunu tahmin etmek için kullanılan in siliko ve ıslak-laboratuar yöntemlerin artılarını ve eksilerini tartışmak
3	Genom düzenleme teknolojilerini tartışmak
4	Kültür hücrelerinde CRISPR / Cas9 genom düzenleme teknolojisini kullanabilmek
5	Gen ifadesine müdahale etmek için kullanılan yöntemleri tanımlamak
6	Fonksiyonel genomik uygulamalarda SILAC ve 2D-DIGE yöntemlerinin kullanımını açıklamak
7	Bir literatür araştırması yapabilmek ve bulguları sözlü ve yazılı olarak sunabilmek.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Bütünleşik Genomik Analizin Mevcut Durumu ve Geleceği
2	Yeni Nesil Dizileme (NGS) Teknolojileri
3	Gen ve Fonksiyonları Bağlayan Bütünleşik Veri Madenciliği Araçları
4	Mutasyonların ve DNA metilasyonunun Kanser Hücrelerinde Gen Fonksiyonu ve Ekspresyon Üzerine Etkisinin Belirlenmesi
5	Yeni Geliştirilen Model Türlerde İndüklenebilir Gen Aşırı İfadesi ve Azaltımı İçin Bir Yöntem
6	Hedeflenen Gen Düzenlemesi için Siteye Özgü Yapay Nükleazların Yapımı ve Uygulanması
7	CRISPR / Cas9 Tabanlı Genomu Düzenleme
8	Temel ve Translasyonel Araştırmalarda CRISPR / Cas9 Uygulamaları
9	ARASINAV
10	Antikor Gen Kütüphanelerinden Rekombinant Antikorların Seçimi
11	Memeli Genlerden Etkili RNAi Hedefli Dizilerin Taranması ve Tanımlanması için Basit ve Verimli siRNA Doğrulama Sistemlerinin Oluşturulması
12	Indüklenebilir Kaset Değiştirme Rekombinasyonuyla Fare Embriyonik Kök Hücrelerinin Hızlı Genetik Modifikasyonu
13	Gelişim Sırasında Nöral Tüpte Gen Fonksiyonunun İncelenmesi için miRNA Tabanlı Plazmidlerin in ovo Elektroporasyonu
14	Proteomik Stratejiler: SILAC ve 2D-DIGE-Hücresel Değişimlerin Araştırılması İçin Güçlü Bir Araç
15	Ödev Sunumları
16	FİNAL SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Textbook(s): Gene Function Analysis (Methods in Molecular Biology) 2nd edition, Springer, 2014
ISBN: 1627037209

Supplementary Book(s): Genomics: Essential Methods, Edited by Mike Starkey and Ramnath Elaswarapu, Wiley Press, 2010
ISBN: 9780470711576

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

PowerPoint ile kuramsal anlatım, literatür taraması / tartışması ve ödev sunumları

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar