Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MBG 6134	İleri Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Teknikleri	SEÇMELİ	3	0	0	12

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora
Moleküler Biyoloji ve Genetik Bütünleşik Doktora

Dersin Amacı

Biyomoleküllerin çeşitli hesaplama teknikleri ile nasıl modellenebileceğini kapsamlı bir şekilde anlamak.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	1. İleri yapısal biyoloji tekniklerini öğrenme
2	2. Gelişmiş matematiksel modellemeyi öğrenme
3	3. Protein ve nükleik asit modellemeleri için algoritmaların nasıl uygulanabileceğini öğrenme
4	4. Karmaşık bir in silico deneyin nasıl tasarlanacağını öğrenme
5	5. In silico deney sonuçlarının nasıl yorumlanacağını ve sonuçlardan elde edilen çıktılarla nasıl yeni deneyler tasarlanacağını öğrenme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Protein yapısı ve modifikasyonları
2	Protein katlanması fenomeni
3	DNA yapısı ve modifikasyonları
4	RNA yapısı ve modifikasyonları
5	Biyomoleküler ailelerin evrim ile belirlenmesi
6	İleri deneysel yapı belirleme teknikleri
7	İleri hesaplamalı tekniklerle yapı tayini
8	Ampirik kuvvet alanı hesaplarının karşılaştırılması
9	Potansiyel enerji yüzeylerinin ve enerji minimizasyon metotlarının kodlanması
10	Uygulamalı Klasik Mekanik ve Moleküler Dinamik Yöntemleri
11	İleri İstatistiksel Mekanik ve Monte Carlo Yöntemleri
12	Evrimsel korunma bilgisinin moleküler modellemeye katılması
13	Program kodu yazarak homoloji modelleme uygulamaları
14	Program kodu yazarak biyomoleküler yaklaştırma uygulamaları
15	Program kodu yazarak protein tasarımı uygulamaları
16	Final sınavı

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana Kaynaklar:
A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition
C. Brandon & J. Tooze, Introduction to Protein Structure, 2nd edition

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Powerpoint sunumları, literatür taraması / tartışılması, bilgisayar uygulamaları.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ODV	Ödev/Dkat.
2	VZ	Vize
3	FN	Final
4	BNS	FinalSonuBaşarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + FN * 0.40
5	BUT	Bütünleme
6	BBN	BütSonuBasarıNotu	ODV * 0.30 + VZ * 0.30 + BUT * 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Her dersin sonunda, dersi anlatan öğretim üyesine, bir dakikalık özet teslim edilmelidir. Bu özet, ders sırasında öğretilen öğeleri özetleyen birkaç cümleyi içermelidir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

ezgi.karaca@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri