Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
CSE 5005	Biyo-enformatik Algoritmaları	SEÇMELİ	3	0	0	9

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK

Dersi Alan Birimler

İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Ortak Bütünleşik Doktora
İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Ortak Doktora
Bilgisayar Mühendisliği Tezsiz Yüksek Lisans (İ.Ö) (İngilizce)
Bilgisayar Mühendisliği Tezsiz Yüksek Lisans (İngilizce)
Biyomedikal Teknolojiler Yüksek Lisans (İngilizce)
Bilgisayar Mühendisliği Bütünleşik Doktora (İngilizce)
Bilgisayar Mühendisliği Doktora (İngilizce)
Bilgisayar Mühendisliği Yüksek Lisans (İngilizce)

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, öğrencilerin Biyoenformatik alanında veri işlemek için çözümler üretebilmesini sağlamaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Farklı biyolojik veriler için, veri tiplerini ve veri yapılarını tanımlayabilme
2	Biyolojik veri işleme için olasılıksal ve istatiksel yöntemleri tanımlayabilme
3	Biyolojik veri analizi için gözetimli ve gözetimsiz öğrenme yöntemlerini tanımlayabilme
4	Biyoenformatik analizlerin klinik ihtiyaçlarına göre veri işleme problemlerini çözebilme
5	Farklı veri analizi yöntemlerini Biyoenformatik alanındaki gerçek problemlere uygulayabilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoenformatiğe Giriş, Biyoloji Tekrarı (DNA, RNA, Protein, Hücre Bileşenleri
2	Sekans Hizalama Problemine Giriş
3	Dinamik Proglamlama ile Global ve Lokal Sekans Hizalama
4	Çoklu Sekans HizalamaÇoklu Sekans Hizalama
5	Filogenetik Ağaç Rekonstrüksiyonu
6	Protein Biyoenformatiği
7	ARASINAV
8	Ham Mikrodizi Veri Analizi
9	Gen İfadelerinin Fonksiyonel Etiketlemesi
10	Biyolojik Ağ ve Yolak Analizi
11	Kümeleme Algoritmalarının Uygulamaları
12	Alt-Tür Tespiti için Gözetimli Öğrenme
13	Yaşam Süresi Tahmini için Gözetimli Öğrenme
14	Biyoişaretçi Tahmini için Gözetimli Öğrenme
15	Öğrenci Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Understanding Bioinformatics, M.J. Zvelebil, J.O. Baum, CRC Press, 2007
Yardımcı kaynak: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, N.C. Jones, P.A. Pevzner, MIT Press, 2004

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Dersler
Literatür Araştırması
Ödevler
Dönem Projesi Sunumu

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ARS	ARASINAV
2	ODV	ÖDEV
3	AOD	ARAŞTIRMA ÖDEVİ
4	DKT	DERSE KATILIM
5	YSBN	YIL SONU BAŞARI NOTU	ARS* 0.20 +ODV * 0.20 + AOD * 0.50 + DKT * 0.10

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Değerlendirme, ödev, vize sınavı, dönem projesine ilişkin sonuç raporununn başarısına göre yapılacaktır.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Doç.Dr. Zerrin IŞIK
Dokuz Eylul University
Department of Computer Engineering
Tinaztepe Kampüsü 35160 BUCA/IZMIR
Tel: +90 (232) 3017413
e-mail: zerrin@cs.deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri