Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
CDK 5042	Denizel Prokaryotların Genetiği	SEÇMELİ	3	0	0	7

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROF. DR. ASLI KAÇAR

Dersi Alan Birimler

Canlı Deniz Kaynakları Doktora
Canlı Deniz Kaynakları Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Dersin amacı, denizel prokaryotların genetik yapılarının ve bu genetik yapıların incelenmesinde kullanılan moleküler metotların araştırılması, ekstrem koşullarda yaşamalarını sağlayan mekanizmaların kavranması ve denizel ortamlardan elde edilen yeni gen kaynakları hakkında bilgi sahibi olunmasını sağlamaktır

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Denizlerdeki prokaryotik çeşitlilik hakkında genel bilgi edinmek
2	Genomu, prokaryotik kromozomu, plazmit ve plazmitlerin biyolojik önemini anlamak
3	Denizel prokaryotların genomunu araştırmada kullanılan moleküler metodları öğrenmek
4	Kompleks mikrobiyal toplulukların metagenomları konusunda bilgi sahibi olmak
5	Denizel ekstremofillerin genetiğini öğrenmek

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Denizel Prokaryotik Çeşitlilik; Kültüre Edilebilen ve Edilemeyen Bakteriler, Proteobakteriler, Siyanobakteriler...
2	Denizel Prokaryotik Çeşitlilik; Denizel Arkeler; Metanogenler, Ekstramofiller
3	Genom; Prokaryot Kromozomu, Operon Kavramı, Plazmit Çeşitleri ve Plazmitlerin Biyolojik Önemi
4	Denizel Mikrobiyal Kommunitelerde Horizontal Gen Transferi; Mutasyon, Transformasyon, Transdüksiyon
5	Denizel Prokaryotların Genomlarının Araştırılmasındaki Moleküler Yöntemler ; PCR, Agaroz Jel Elektroforezi, DGGE, FISH
6	Deniz Sedimentlerindeki Prokaryotik Çeşitliliğin Saptanması için Toplam DNA Analizi
7	Metagenom Kavramı; Kompleks Mikrobiyal Kommunitelerin Metagenomik Taranması, Yeni Genlerin Biyolojik Araştırılması
8	Makale Anlatımı
9	Bakteriyal Biyofilmlerin Genetiği; Denizlerde Bakteriyal Biyofilm Oluşumu, Quorum Sensing Mekanizması
10	Denizlerdeki Ağır Metal Dirençli Bakterilerin Genetiği; Biyoakümülasyon, Biyolojik Tutunma, Biyotransformasyon
11	Denizel Ekstramofillerin Genetiği ; Termofiller, Psikrofiller, Barofiller, Halofiller
12	Bakteriyel Biyolüminesens Genetiği ; Biyolüminesens Oluşumu, GFP ve Diğer Floresan Proteinler
13	Makale Anlatımı
14	Makale Anlatımı

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Kirchman, L. D. 2008. Microbial Ecology of the Oceans. Second Edition. Wiley-blackwell. A John Wiley and Sons, Inc., Publication. New Jersey, USA, 593 s.
2. Madigan, T, M., Martinko, J. M., Parker, J. 2010. Brock Mikroorganizmaların Biyolojisi. Çeviri Editörü Cumhur Çökmüş. Palme Yayıncılık, Ankara, Turkey, 992s.
3. Klug, S. W., Cummings, M. R. 2003. Concepts of Genetics. 6th edition. Çeviri Editörü Cihan Öner. Palme Yayıncılık. Ankara, Turkey, 816s.
4. Marco, D. 2010. Metagenomics, Theory, Methods and Applications, Caister Academic Press, Norfolk, UK, 212s.
5-Sachse, K., Frey, J. Methods in Molecular Biology: PCR Detection of Microbial Pathogens, Vol:216. Humana Press Inc., Totowa, NJ, 321s.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Bu ders sınıfta sunum ve tartışma biçiminde öğretilir. Tüm sınıf öğrencileri hem derse devam etmek hem de tartışma oturumlarına katılmak zorundadır. Dersin öğretilmesi yanında grup sunumları belirlenir ve öğrenciler grup içinde tartışmalara katılırlar

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	ARS	ARASINAV
2	ODV	ÖDEV
3	YSS	YIL SONU SINAVI
4	YSBN	YIL SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.20 + ODV * 0.40 + YSS * 0.40
5	BUT	BÜTÜNLEME
6	BUTBN	BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU	ARS * 0.20 + ODV * 0.40 + BUT * 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Dersler, Ev Ödevleri (rapor hazırlama), Yayın Okuma, Ders Öncesi ve Sonrası Hazırlık, Ara Sınav ve Final Sınavı

Değerlendirme Kriteri

Ara sınav (%20), Ev Ödevi (rapor hazırlama) (%40), Final sınavı (%40)

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Öğrenciler genel mikrobiyoloji dersi görmüş olmalıdır.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Prof. Dr. Aslı KAÇAR
Deniz Bilimleri ve teknolojisi Enstitüsü
Tel: 0090 232 2785565/127
Email: asli.kacar@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Cuma: 14.30-16.00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	14	3	42
Arasınava Hazırlanma	1	10	10
Final Sınavına Hazırlanma	1	20	20
Ders Öncesi/Sonrası Derse Hazırlanma	13	4	52
Yayın Tarama	5	3	15
Ödev Hazırlama (Rapor Hazırlama)	1	30	30
Arasınav	1	2	2
Final	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			173

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6
ÖK.1	2	3	4	4
ÖK.2	4	3	2	4
ÖK.3					2	2
ÖK.4					3	3
ÖK.5	3	4	2	4

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI