DERS ADI

: Kristalografi - II

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
PHY 5148 Kristalografi - II SEÇMELİ 3 0 0 8

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. MUHİTTİN AYGÜN

Dersi Alan Birimler

Fizik Yüksek Lisans
Fizik Doktora

Dersin Amacı

Direk yöntemler, Patterson Analizi ile yapı çözümü ve arıtımı sonucunda kristal yapı incelemeleri ve Makro moleküler kristalografiye giriş.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Kristal yapı çözümü ve arıtımı kavramlarını anlayabilme
2   Yapı faktörü istatistikleri ile yapı hakkında bilgi edinebilme
3   Patterson fonksiyonu ifade edebilme ve kristalografi ile ilişkisini kurabilme
4   Kristalografide faz problemini belirleyebilme ve direk yöntemler ile faz problemi arasında ilişki kurabilme
5   Moleküllerin geometrik konformasyonlarını tanıma ve olası konformasyonlarını belirleyebilme
6   Protein gibi makro kristal kavramlarını anlayabilme
7   Yapı çözüm ve arıtım programlarını kullanabilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

PHY 5025 - Kristalografi - I

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Giriş
2 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Yapı faktörü genliklerinin istatiksel analizi
3 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Patterson fonksiyonu ve kullanımı
4 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Direk Yöntemler
5 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Faz Belirleme Prosedürü
6 Kristal Yapı Çözümü ve Arıtımı Fark Fourier Yöntemi
7 İyonik Kristaller
8 Stereokimyaya giriş
9 Halka Konformasyonu
10 Protein Kristalografisine giriş Biyolojik makromoleküller
11 Protein Kristalografisine giriş Protein kristaller
12 Yapı çözüm programları
13 Yapı arıtım programları
14 Uygulamalar

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
Theories and Techniques of Crystal Structure Determination, Uri Shmueli, ISBN 0199213504, Oxford University Press, 2007.

Yardımcı kaynaklar:
Crystal Structure Analysis: A Primer, J. P. Glusker& K. N. Trueblood, ISBN 0199576343, Oxford University Press, 2010.
X-Işınları Kristalografisi, Mehmet Kabak, ISBN 975869507X, Bıçaklar Kitabevi, 2004.
Referanslar: Fundamentals of Crystallography , Carmelo Giacovazzo, ISBN 0199573662, Oxford University Press, 2011

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Ders anlatma
2. Problem çözme
3. Sunum
4. Ödev

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 SUN SUNUM
2 DKT DERSE KATILIM
3 YSS YIL SONU SINAVI
4 YSBN YIL SONU BAŞARI NOTU SUN * 0.40 + DKT * 0.10 + YSS * 0.50
5 BUT BÜTÜNLEME
6 BUTBN BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU SUN * 0.40 + DKT * 0.10 + BUT * 0.50


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

1. Öğrenci kristal yapı çözümü ve arıtımı kavramlarını ifade edebilecektir.
2. Öğrenci yapı faktörü istatistikleri ile yapı hakkında bilgi sahibi olacaktır.
3. Öğrenci Patterson fonksiyonu ifade edebilecek ve kristalografi ile ilişkisini kurabilecektir.
4. Öğrenci kristalografide faz problemini belirleyebilecek ve direk yöntemler ile faz problemi arasında ilişki kurabilecektir.
5. Öğrenci moleküllerin geometrik konformasyonlarını tanıyacak ve olası konformasyonlarını belirleyebilecektir.
6. Öğrenci protein gibi makro kristal kavramlarını ifade edebilecektir.
7. Öğrenci yapı çözüm ve arıtım programlarını kullanabilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

1. Derslerin %70 ine katılım zorunludur.
2. Herhangi bir tür intihal disiplin işlemi sonuçlanacaktır.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

muhittin.aygun@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Daha sonra ilan edilecektir

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 14 3 42
Final Sınavına Hazırlık 1 15 15
Sunum Hazırlama 2 16 32
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 7 98
Final Sınavı 1 3 3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 190

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10
ÖK.1555
ÖK.2555
ÖK.35555
ÖK.45552
ÖK.555553
ÖK.6554554
ÖK.7554554