Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
CME 4425	BİYOİNFORMATİK ALGORİTMALARINA GİRİŞ	SEÇMELİ	2	2	0	6

Dersi Veren Birim

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK

Dersi Alan Birimler

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Amacı

Dersin amacı Biyoenformatik alanındaki hesaplama ve modelleme problemlerinin çözümünde öğrenciye yetkinlik kazandırmaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	DNA, RNA, Protein, Transkripsiyon ve diğer temel biyoenformatikle ilgili biyolojik kavramların tanımlanabilmesi
2	İkili ve çoklu sekans hizalama algoritmalarının kullanılabilmesi,
3	Dinamik Programlama yapılabilmesi,
4	Mikrodizi veri analizlerinin yapılabilmesi,
5	Biyoenformatikte kullanılan öğrenme algoritmalarının tanımlanabilmesi.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Evrim, DNA, RNA, Biyoloji ve Hesaplama
2	Sekans Analizi
3	Dinamik Programlama
4	Sekans Analizi
5	Çoklu Sekans Hizalama
6	Motif Bulma
7	Sekans Veritabanı Aramaları
8	Filogenetik Ağaç Oluşturma
9	Protein Biyoenformatiği
10	Mikrodizi Veri Analizi
11	Kümeleme Algoritmalarının Uygulanması
12	Fonksiyonel Etiketleme
13	Biyolojik Yolak ve Ağ Analizi
14	Öğrenci Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, 2019

Yardımcı kaynaklar: Understanding Bioinformatics, Marketa J Zvelebil, Jeremy O. Baum, CRC Press, 2007

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Dersler
2. Kişisel ve grup çalışmaları
3. Proje

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	PR	Proje
3	FN	Final
4	BNS	BNS	VZ * 0.20 + PR * 0.40 + FN * 0.40
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.20 + PR * 0.40 + BUT * 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar