• ANASAYFA
  • Geçmişten Günümüze Dokuz Eylül Üniversitemiz
  • Türkiye ve İzmir Hakkında
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim ve Adres
  • Akademik Takvim
  • Üniversite Yönetimi
  • Genel Bilgi
  • Derece Programları
  • Genel Kabul Koşulları
  • Önceki Öğrenme Sürecinin Tanınması
  • Genel Kayıt İşlemleri
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli Öğrenciler İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Öğrenme Olanakları
  • Uluslararası Programlar
  • Değişim Öğrencileri için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları /Öğrenci Birlikleri
• LLP/ERASMUS
  • AKTS/DE Koordinatörleri
  • Kayıt İşlemleri
  • Uluslararası İlişkiler
  • İkili Anlaşmalar
  • AKTS Belgeleri
  • DE Etiketi
  • Erasmus Öğrencilerimiz

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS BYM 0539 UYGULAMALI BİYOİNFORMATİK SEÇMELİ 4 0 0 8

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROFESÖR KEMAL SAMİ KOKMAZ

Dersi Alan Birimler

İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Ortak Doktora

Dersin Amacı

Dersin amacı biyoinformatik bilimler ve ilişkili veri tabanları konusunda moleküler biyoloji verilerini kullanarak analizlar yapabilme yeteneği geliştirmek

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Temel Biyoloji öğretiminde moleküler mekanizmalar konusunda fikir sahibi olmak ve nasıl kullanılacağını anlamak 2   Transkripsiyonun informatiğini öğrenmek 3   Translasyonun informatiğini öğrenmek 4   Biyoinformatik kavramları tanımak 5   Entrez veri tabanlarını ve kullanımını anlamak, BLAST ve karşılaştırmalı eşleştirme yapmayı öğrenmek 6   Mikroarray verileri ve işlenmesini öğrenmek 7   Sistem Biyolojisi kavramları geliştirmek 8   Moleküler evrimi anlamak

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 DNA, RNA yapısı, Genlerin yapısı, Prokaryotlarda ve ökaryotlarda operon 2 DNAnın işlenmesi, Restriksiyon enzimleri, Klonlama, BLAST, 3 Transkripsiyon faktörleri, doku özgül ekspresyon paternleri ve Translasyonun mekanizmaları 4 Replikasyonun mekanizması ve faktörleri 5 Moleküler Biyolojik teknikler ve Genetik mühendislik, Veritabanlarına giriş 6 Karşılaştırmalı eşleştirme (Pairwise comparison) 7 Çoklu karşılaştırmalı eşleştirme (Multiple comparison) Clustal W kullanımı 8 Arasınav 9 BLAST 10 BLAST algoritmaları, matrisler 11 Mikroarrayler ve gen ekspresyonu paternleri 12 Veri analizleri ve istatistiksel anlamlandırma testleri 13 DNAnın evrimi ve farklı türlerin DNA düzeyinde karşılaştırılmaları, C değeri paradoksu 14 N değeri paradoksu ve gen dışı dizilerin evrimi, İnsan hastalıklarının evrimi

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

NCBI sitesi web tutorial materyalleri

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

ARA SINAV %40 FİNAL %60

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL 1 ARS ARASINAV 2 YSS YIL SONU SINAVI 3 YSBN YIL SONU BAŞARI NOTU ARS * 0.40 + YSS * 0.60 4 BUT BÜTÜNLEME 5 BUTBN BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU ARS * 0.40 + BUT * 0.60

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

ilan edilecektir.

Değerlendirme Kriteri

ilan edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

ilan edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Assoc.Prof.Dr. Kemal Sami Korkmaz

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

ilan edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Ders Anlatımı 15 9 135 Vize Sınavına Hazırlık 1 30 30 Final Sınavına Hazırlık 1 30 30 Final Sınavı 1 2 2 Vize Sınavı 1 2 2 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 199

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 PK.9 PK.10 ÖK.1 3 5 3 3 ÖK.2 ÖK.3 5 ÖK.4 ÖK.5 3 3 ÖK.6 5 ÖK.7 53 ÖK.8