DERS ADI

: Biyo-enformatik Algoritmaları

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
CSE 5005 Biyo-enformatik Algoritmaları SEÇMELİ 3 0 0 9

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ.DR. ZERRİN IŞIK

Dersi Alan Birimler

Bilgisayar Mühendisliği Tezsiz Yüksek Lisans
Bilgisayar Mühendisliği Yüksek Lisans
Biyomedikal Teknolojiler Yüksek Lisans (İng)
İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Ortak Doktora
İleri Biyomedikal Teknolojiler Sanayi Ortak Bütünleşik Doktora
Bilgisayar Mühendisliği Bütünleşik Doktora
Bilgisayar Mühendisliği Doktora
Bilgisayar Mühendisliği Tezsiz Yüksek Lisans (İ.Ö)

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, öğrencilerin Biyoenformatik alanında veri işlemek için çözümler üretebilmesini sağlamaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Farklı biyolojik veriler için, veri tiplerini ve veri yapılarını tanımlayabilme
2   Biyolojik veri işleme için olasılıksal ve istatiksel yöntmleri tanımlayabilme
3   Biyolojik veri analizi için gözetimli ve gözetimsiz öğrenme yöntemlerini tanımlayabilme
4   Biyoenformatik analizlerin klinik ihtiyaçlarına göre veri işleme problemlerini çözebilme
5   Farklı veri analizi yöntemlerini Biyoenformatik alanındaki gerçek problemlere uygulayabilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Biyoenformatiğe Giriş, Biyoloji Tekrarı (DNA, RNA, Protein, Hücre Bileşenleri
2 DNA Haritalama Problemi
3 Motif Bulma Algoritmaları
4 Sekans Hizalama Problemine Giriş
5 Dinamik Proglamlama ile Global ve Lokal Sekans Hizalama
6 Çoklu Sekans Hizalama
7 ARASINAV
8 Ham Mikrodizi Veri Analizi
9 Gen İfadelerinin Fonksiyonel Etiketlemesi
10 Biyolojik Ağ ve Yolak Analizi
11 Kümeleme Algoritmalarının Uygulamaları
12 Alt-Tür Tespiti için Gözetimli Öğrenme
13 Yaşam Süresi Tahmini için Gözetimli Öğrenme
14 Öğrenci Sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Understanding Bioinformatics, M.J. Zvelebil, J.O. Baum, CRC Press, 2007
Yardımcı kaynak: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, N.C. Jones, P.A. Pevzner, MIT Press, 2004

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Dersler
Literatür Araştırması
Ödevler
Dönem Projesi Sunumu

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ARS ARASINAV
2 ODV ÖDEV
3 AOD ARAŞTIRMA ÖDEVİ
4 DKT DERSE KATILIM
5 YSBN YIL SONU BAŞARI NOTU ARS* 0.20 +ODV * 0.20 + AOD * 0.50 + DKT * 0.10


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Değerlendirme, ödev, vize sınavı, dönem projesine ilişkin sonuç raporununn başarısına göre yapılacaktır.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

Dr.Öğr. Üyesi Zerrin IŞIK
Dokuz Eylul University
Department of Computer Engineering
Tinaztepe Campus 35160 BUCA/IZMIR
Tel: +90 (232) 3017413
e-mail: zerrin@cs.deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 14 3 42
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 2 28
Vize Sınavına Hazırlık 1 20 20
Ödev Hazırlama 3 20 60
Sunum Hazırlama 1 50 50
Diğer (Atölye, Laboratuvar vb. kapsamındaki çalışmalar) 4 6 24
Vize Sınavı 1 3 3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 227

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11
ÖK.144
ÖK.2443
ÖK.3443
ÖK.44554433333
ÖK.545544334