DERS ADI

: BİYOİNFORMATİK ALGORİTMALARINA GİRİŞ

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
CME 4425 BİYOİNFORMATİK ALGORİTMALARINA GİRİŞ SEÇMELİ 2 2 0 6

Dersi Veren Birim

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

DOÇ.DR. ZERRİN IŞIK

Dersi Alan Birimler

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Amacı

Kursun amacı Biyo-enformatik alanındaki hesaplama ve modelleme problemlerinin çözümünde öğrenciye yetkinlik kazandırmaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   DNA, RNA, Protein, Transcription ve diğer temel biyo-enformatikle ilgili biyolojik kavramların tanımlanabilmesi
2   Pairwise and multiple sequence alignment algorit malarının kullanılabilmesi,
3   PAM and BLOSUM Matrislerinin tanımlanabilmesi, Dynamic Programming yapılabilmesi,
4   Graf algoritmalarının tanımlanabilmesi,
5   Biyo-enformatikte kullanılan öğrenme algoritmalarının tanımlanabilmesi.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Evrim, DNA, RNA, Biyoloji ve Hesaplama
2 İşemsel Karmaşıklık, DNA Haritalama
3 Motif Finding
4 Sekans Analizi
5 Dinamik programlama
6 BLAST
7 Çoklu dizin sekanslama
8 Vize 1
9 Birleşimsel Örüntü Bulma
10 Kümeleme Algoritmaları
11 Filogenetik Ağaç Oluşturma
12 Biyolojik Veri Tabanlarında Arama 1
13 Biyolojik Veri Tabanlarında Arama 2
14 Biyolojik Ağ Analizi

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Ders Kitabı: Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 (ISBN-13: 978-0262101066)

Yardımcı kaynaklar:

Introduction To Algorithms Third Edition, THOMAS H. CORMEN CHARLES E. LEISERSON RONALD L. RIVEST CLIFFORD STEIN, The MIT Press Massachusetts Institute of Technology Cambridge, 2001

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Dersler
2. Kişisel ve grup çalışmaları
3. Ödevler

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Vize
2 PR Proje
3 FN Final
4 BNS BNS VZ * 0.20 + PR * 0.40 + FN * 0.40
5 BUT Bütünleme Notu
6 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu VZ * 0.20 + PR * 0.40 + BUT * 0.40


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

zerrin@cs.deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Derslerin ilk haftası açıklanacak.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 12 2 24
Uygulama 12 2 24
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 14 3 42
Vize Sınavına Hazırlık 2 8 16
Final Sınavına Hazırlık 1 12 12
Ödev Hazırlama 3 8 24
Final Sınavı 1 2 2
Vize Sınavı 2 2 4
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 148

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10
ÖK.15
ÖK.2543
ÖK.3543
ÖK.4543
ÖK.5543