DERS ADI

: HÜCRESEL MOLEKÜLER MEKANİZMALAR ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
BİO 5025 HÜCRESEL MOLEKÜLER MEKANİZMALAR ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ SEÇMELİ 2 4 0 12

Dersi Veren Birim

Biyokimya Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROFESÖR AYŞE SEMRA KOÇTÜRK

Dersi Alan Birimler

Odyoloji Doktora
Laboratuvar Hayvanları Bilimi Doktora
Anatomi Doktora
Moleküler Patoloji Doktora
Temel Onkoloji Doktora
Toksikoloji Doktora
Moleküler Tıp Yüksek Lisans
Egzersiz Fizyolojisi Doktora
Biyokimya Doktora
Biyomekanik Doktora
Biyofizik Doktora
Histoloji - Embriyoloji Doktora
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora
Tıbbi Parazitoloji Yüksek Lisans
Biyokimya Yüksek Lisans
Fizyoloji Doktora
Tıbbi Parazitoloji Doktora
Mikrobiyoloji Doktora
Farmakoloji Doktora
Temel Sinirbilimler Doktora
Moleküler Tıp Doktora

Dersin Amacı

Biyokimya bilim dalında lisansüstü eğitim yapan öğrencilerin hücre içi moleküler mekanizmalar ile ilgili araştırmalarda kullanacakları yöntemler hakkında bilgi ve deneyim kazanmalarını sağlamaktır. Bu amaçla dersin içeriği; dokudan ve hücreden organel izolasyonunu, hücre kültürü ile yapılan çalışmalarının temel prensiplerini ve uygulama tekniklerini, protein ve gen ekspresyon analizi ile hücresel mekanizmaların izlenmesinde kullanılan moleküler yöntemlerin (WB, RT-PCR; IHC, HPLC, Flow sitometre) temel prensiplerini kapsamaktadır. Dersin programı doku, hücre hattı ve primer hücre kültürü kullanılarak elde edilen materyaller ile hücre içi protein ve gen ekspresyonlarının izlenmesini sağlayan tüm yöntemlerin teorik bilgilerini ve uygulamalarını kapsayan bir akış içinde düzenlenmiştir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Hücre içi mekanizmaları anlayabilecek temel hücre biyolojisi bilgisine sahiptir
2   Hücre içi moleküler mekanizmalar ile ilgili araştırmalarda kullanacakları temel laboratuvar bilgisine sahiptir
3   Uygulama alanı ile ilgili bilgi ve veri tabanlarına ulaşabilir ve kullanabilir
4   Uygulama alanında edindiği bilgiler ile deney planlayabilir
5   Hücresel moleküler mekanizmaları araştırmak üzere temel laboratuvar teknikleri bilgisine sahiptir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Santrifügasyonun temel prensipleri Uyg: Deney hayvanından (rat) KC ve aort doku eldesi
2 Hücrenin yapı ve organizasyonu, hücre organelleri ve santrifugasyon ile ayrımlanması Uygulama: KC dokusundan mitokondri izolasyonu ve doğrulanması
3 Hücre kültürü çalışmalarında temel bilgiler: - Laboratuvar gereksinimleri - Hücre kültürü laboratuvarında güvenlik - Hücre kültürü laboratuvarında sterilizasyon Uygulama: Temel ekipmanlar, lab. tasarımı, sterilizasyon
4 Hücrelerin ve hücre kültürünün sürekliliğinin sağlanması -Hücre tipleri -Besi ortamları ve içerikleri Uygulama: Besi ortamı seçimi, hazırlanması ve sterilizasyonu
5 Hücre canlılık ve dondurma teknikleri Uygulama: Hücre Dondurma, Hücre canlılık analizleri
6 Primer Hücre Kültürü Uygulama: Rat Aort dokusundan eksplant ve enzimatik yöntemle primer kültür eldesi
7 Protein Ekspresyon Analizi-I Uygulama: Immünhistokimya, Immunfluoresans
8 Protein Ekspresyon Analizi-II Uygulama: Western Blot Elektroforez ile hücre lizatlarında protein ekspresyon analizi
9 Protein Ekspresyon Analizi-III Uygulama: IEF ve ELISA
10 Gen Ekspresyon Analizi-I Kuramsal: Primer dizaynı, PZR temel bilgi, RT-PZR, agaroz jel elektroforezi . Uygulama: Hücreden RNA izolasyonu ve kalite kontrolü (Nanodrop)
11 Gen Ekspresyon Analizi-II Uygulama: RNA cDNA, RT-PZR, agaroz jel elektroforezi, jel görüntüleme.
12 Gen Ekspresyon Analizi-III Kuramsal: Gen ekspresyonunda yöntemler, Real-Time PZR, Kantitatif ve semi-kantitatif analiz. Uygulama: cDNA Real-Time PZR, veri analizi.
13 Hücre lizatlarında Metabolik Araştırmalar: Hücre içi Kolesterol Metabolitlerinin Analizi Uygulama: HPLC ile metabolit analizi
14 YARIYIL SONU SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Current Protocols in Protein Science. Coligen JE, Dunn BM, Speicher W, Wingfield PT (eds). 2007, John Wiley &Sons Inc.
2. Mitochondria: A Practical Approach. Darley-Usmar UM, Rickwood D&Wilson MT (eds). 1987, IRL Pres.
3. Protein Purification Protocols. 2nd Ed. Cutler P. 2007, Humana Pres.
4. Apoptosis methods and Protocols. Brady HJM (ed) 2005, Humana Pres.
5. Apoptosis, Senescence and Cancer. Gewirtz DA, Halt SE, Grant S. (eds) 2nd ed. 2007, Humana Press.
6. Cell and Tıssue Culture. Doyle A and Griffiths JB (eds). John Wiley&Sons.
7. Basic Cell Culture Protocols. 3rd Ed. Helgason CH, Miller CL (eds). 2004, Humana Press.
8. Real-Time PCR. Dorak TM (ed), 2007, Taylor&Francis.
9. Basic Methods fort he Biochemical Laboratory. Holtzhouer M. (ed). 2006, Springer.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik ders ve uygulamalar ile tekniklerin öğretilmesi. Uygulamalı ödev ile edindiği bilgiler doğrultusunda deney planlama ve uygulama yetilerinin geliştirilmesi.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Ara Sınav
2 OD Ödev
3 FN Final
4 BNS Başarı VZ * 0.40 + OD * 0.20 + FN* 0.40
5 BUT Bütünleme Notu
6 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu VZ * 0.40 + OD * 0.20+ BUT* 0.40


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

1. Moleküler mekanizmaları araştırma yöntemleri ile ilgili teorik bilgisi ara sınav ve yarı yıl sonu sınavı ile değerlendirilecektir (PÇ1, PÇ2).
2. Öğrendiği yöntemleri uygulama becerisi, gerekli veri tabanlarına ulaşabilme ve deney planlama becerisi verilen uygulamalı ödev ve laboratuvar deneyleri ile değerlendirilecektir (PÇ6,PÇ7)
3. Hücresel moleküler mekanizmaları araştırmak üzere sahip olduğu temel laboratuvar teknikleri bilgisi uygulamalar sırasında ve verilen ödevler ile değerlendirilecektir.(PÇ10)

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

semra.kocturk@deu.edu.tr, 4124407

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Salı günleri 13.30-16.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 2 30
Uygulama 15 4 60
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 7 2 14
Vize Sınavına Hazırlık 7 3 21
Final Sınavına Hazırlık 7 3 21
Ödev Hazırlama 3 50 150
Final Sınavı 1 2 2
Vize Sınavı 1 2 2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 300

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10
ÖK.11111111132
ÖK.21111111132
ÖK.31111121232
ÖK.41511111132
ÖK.51111111132