DERS ADI

: MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ I

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
TBG 6100 MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ I SEÇMELİ 2 2 0 9

Dersi Veren Birim

Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

YRD.DOÇENT YAVUZ OKTAY

Dersi Alan Birimler

Odyoloji Doktora
Laboratuvar Hayvanları Bilimi Doktora
Anatomi Doktora
Temel Onkoloji Doktora
Toksikoloji Doktora
Egzersiz Fizyolojisi Doktora
Biyokimya Doktora
Biyomekanik Doktora
Biyofizik Doktora
Histoloji - Embriyoloji Doktora
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora
Fizyoloji Doktora
Translasyonel Onkoloji Doktora
Tıbbi Parazitoloji Doktora
Mikrobiyoloji Doktora
Farmakoloji Doktora
Temel Sinirbilimler Doktora
Moleküler Tıp Doktora

Dersin Amacı

1- Temel nükleik asit araştırma yöntemlerinin öğrenilmesi ve uygulama becerisinin kazanılmasıdır.
2- PCR yöntemi ile mRNA düzeyinin kantitatif ve öreceli kantitatif analiz teorisinin öğrenilmesi ve pratik uygulama ile yöntemi uygulama becerisinin kazanılmasıdır.
3- Epigenetik bir değişiklik olan DNA metilasyonunun saptanmasına yönelik yöntemlerin teorisinin öğrenilmesi ve pratik uygulama ile MS-PCR, Bisulfit PCR, COBRA yöntemlerini uygulama becerisinin kazanılmasıdır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   PCR dinamiklerini ve kantitasyona yönelik uygulamaları karşılaştırarak tartışır.
2   DNA yapısını, metile-DNA yapısını ve metilasyon mekanizmalarını detaylarıyla anlatır.
3   Metile-DNA'nın tanımlanmasına yönelik yöntemleri sıralayarak açıklar.
4   Metilasyon spesifik PCR, bisülfit PCR ile ilgili teorik bilgiyi primer dizaynında kullanır.
5   Total RNA izolasyonu, cDNA eldesi, genomik DNA eldesi , agaroz jel elektroforezi yapabilme becerilerine sahiptir
6   Kantitatif PCR'a yönelik hedef gen ve referans gen PCR larının optimizasyonunu yapar ve eksponansiyel PCR noktasını belirler.
7   Klasik PCR ile göreceli kantitasyon yapar ve sonuçları agaroz jel elektroforezinde ve dansitometrik olarak analiz eder.
8   Real-time PCR ile göreceli kantitasyon yapar ve sonuçlarını değerlendirir.
9   Gerek kit kullanarak gerekse manuel olarak genomik DNA nın bisulfit modifikasyon işlemini yapar, örnekleri saflaştırır, metilasyon spesifik PCR ve bilsülfit PCR yöntemlerini uygular. Sonuçları agaroz jel elektroforezinde analiz eder.
10   COBRA (combined bisulfite restriction analysis ) yöntemi ile metilasyon düzeyini değerlendirir.
11   Gen ekspresyonu protein düzeyinde western blotlama ve immunoboyama yöntemleri ile belirleyebilir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Genomik DNA: organizasyon, izolasyon ve kantifikasyon
2 Genomik DNA: analiz yöntemleri (agaroz jel elektroforezi, Southern Blot, mutasyon analizleri: SSCP, PCR, sekanslama).
3 RNA regülasyonu
4 RNA isolasyonu
5 RNA analiz yöntemleri (agaroz jel elektroforezi, Northern Blot, RACE).
6 Gen Ekspresyonu
7 cDNA (sentez, yari-kantitatif PCR, qPCR)
8 Gen ekspresyon regülasyonu analizleri (EMSA, ChIP).
9 Recombinant DNA technology
10 vector cesitleri, klonlama plasmidleri (restriction enzim analizleri)
11 ekspresyon plasmidleri (bacterial, yeast, mammalian)
12 rekombinant plasmid oluşturma yöntemleri (RE kesimi, ligasyon, plasmid transformasyonu, plasmid izolasyonu, karakterizasyonu)
13 Rekombinant pretien uretimi (bakteri, maya, insect)
14 rekombinant protein purifikasyonu (HIs-tag, GST-tag, purifikasyon yontemleri)
15 Western blot

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, Online ISBN: 9780471142720

Referanslar:
- Methods In Molecular Biology Vol 200 - DNA Methylation Protocols - Humana Press.2002
- Methods In Molecular Biology - Volume 226 - PCR Protocols, Second Edition - Humana Press 2003.
- Methods in Molecular Biology Vol 193 RT-PCR Protocols Humana Press -2002
- Güncel Yayınlar

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum: Temel teorik bilgiler sunum olarak verilecektir.
Uygulama: Her öğrenci, ders programında belirtilen uygulamaları ders koordinatörü gözetiminde gerçekleştirecektir. Tüm uygulamaların (fotoğraf, tablo ve tüm gözlem ve elde edilen veriler) SBE laboratuvar defteri tutma kurallarına uygun şekilde kaydı tutularak blok sonunda ders koordinatörüne teslim edilecektir.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Ara Sınav
2 FN Final
3 BNS Başarı VZ * 0.40 + FN* 0.60
4 BUT Bütünleme Notu
5 BBN Bütünleme Sonu Başarı Notu VZ * 0.40 + BUT* 0.60


*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Derse kabul edilecek maksimum öğrenci sayısı 6'dir

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

(232) 412 65 54, hani.alotaibi@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Perşembe günleri 15:30-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 2 30
Vize Sınavına Hazırlık 1 10 10
Final Sınavına Hazırlık 1 10 10
Ödev Hazırlama 5 10 50
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 15 3 45
Makale Hazırlama 5 10 50
Kavram Haritası Hazırlama 3 8 24
Final Sınavı 1 3 3
Vize Sınavı 1 3 3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 225

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11PK.12
ÖK.1555
ÖK.2555
ÖK.3555
ÖK.4555
ÖK.5555
ÖK.6555
ÖK.7555
ÖK.8555
ÖK.9555
ÖK.10555
ÖK.11555