DERS ADI

: MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ II

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
TBG 6094 MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ II SEÇMELİ 2 2 0 10

Dersi Veren Birim

Tibbi Biy.Ve Gen. Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

YRD.DOÇENT HANI SAMIH MOHAMMAD ALOTAIBI

Dersi Alan Birimler

Tibbi Biy.Ve Gen. Doktora

Dersin Amacı

1- öğrencilerin hücre biyolojisi temelli araştırmalarda kullanılan temel yöntemlere yönelik bilgi ve becerilerinin artırılmasıdır.
2- Ökaryot hücrede bulunan proteinlerin miktarını, yerleşimlerini ve işlevlerini saptamaya yönelik temel güncel teknikler ile ilgili bilgi/becerilerin geliştirilmesi

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Ökaryotik hücre özellikleri, doku ve çeşitleri, farklı dokuların genel histolojik özellikleri, in vitro koşullarda üretilen primer ve immortal hücrelerin genel özelliklerini bilir (B2)
2   Hücre ayrımlaşmasının temel prensiplerini bilir (B2)
3   Hücre içi yapıları tanır (B3)
4   Hücre ve hücre içi komponentleri farklı mikroskobik yollarla, farklı düzeylerde görüntüleyebilir (B3)
5   Kültürde üretilen hücrelerde, proliferasyon, farklılaşma, yaşlanma ve ölümü analizleri yapabilir (B3)
6   Son-nokta ya da gerçek zamanlı hücre adhezyon and motilite deneyleri yapabilir (B3)
7   Verileri analiz edebilir ve sunabilir(B3)
8   Protein incelemelere yönelik temel yöntem bilgisine sahiptir
9   Hücreden total protein izolasyonu ve izolasyon sonrası miktar tayinlerini yapabilir
10   Protein-protein etkileşimlerini incelemede kullanılan temel yöntemleri anlatabilir ve uygun yöntem seçebilir
11   Hücresel proteinlerin lokalizasyonunu belirlemeye yönelik temel teknikleri bilir.
12   Gen ekspresyonu protein düzeyinde western blotlama ve immunoboyama yöntemleri ile belirleyebilir
13   Protein dizi veri tabanlarını ( Uniprot-KB: SWISS-PROT, TrEMBL, PIR-PSD) kullanabilir
14   Protein fonksiyonlarının tahmininde kullanılan biyoinformatik araçları bilir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 temel hücre kültürü yöntemleri (hucre ekimi, sayimi, dondurma, çözme)
2 mikroskopi (light, DIG, floresan, faz kontrast, konfokal, elektron)
3 hücre içi yapıların fraksinizasyonu
4 canlılık, proliferasyon, senescence ve hücre olumu analizleri
5 adhezyon, motilite, invazyon analizleri
6 hücre ayrımlaşması (faks, magnetik separasyon)
7 transfeksyon
8 Gen ekspresyon analizleri (Reporter Assays, immunoblot, immunoboyama)
9 hücreden protein izolasyonu ve miktar tayini, hücresel lokalizasyonun belirlenmesi
10 Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down assays, FRET, PLA )
11 Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down assays, FRET, PLA)
12 proximity ligation assay, in silico yöntemler.
13 Proteomics
14 in silico analizleri
15 fonksiyonel ve kantitatif analizler (Mass-spect., SILAC)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: "Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, Online ISBN: 9780471142720", "Methods in Cell Biology"

Yardımcı kaynaklar:
http://homepages.gac.edu/~cellab/contents.html
http://www.protocol-online.org/prot/Cell_Biology/

Referanslar: Cell, Science, Nature, Nature Methods.vb dergilerdeki ilgili makaleler

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum: Teorik bilgiler sunum olarak öğretim üyeleri tarafından verilecektir
Laboratuvar Uygulaması: Her yöntem ile ilgili yapılacak laboratuvar uygulamasına aktif olarak katılım, kullanılan yöntem ve/veya cihaz ile ilgili bilgisayar programının kullanımı
Derse katılım: Derste tartışmalara katılım değerlendirilecektir

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 VZ Arasınav
2 ODV Ödev/Sunum
3 DKL DerseKatılım
4 FN Final
5 BNS Başarı VZ * 0.25 + ODV * 0.25 + DKL* 0.20 + FN*0.30
6 BUT Bütünleme
7 BBN BütSonuBaşarıNotu VZ * 0.25 + ODV * 0.25 + DKL* 0.20 + BUT*0.30

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

* Kavram haritalarının oluşturulması, oturumlarda belirlenen hedefleri öğrenmek üzere yapılan hazırlıklar değerlendirilecektir.
** Her öğrenci için bir teorik teknik proje ödevini tamamlaması beklenmektedir.
*** Olgu tartışma oturumlarında tartışmaya katılımları değerlendirilecektir.

Değerlendirme Kriteri

Sınavlarda, sorulara en az %75 oranında doğru yanıt verilmiş olması başarı ölçütüdür.
Ödevlerde; öğrencinin yaklaşımının doğruluğu, gözlem ve analiz yeteneği, orijinalliği dikkate alınarak notlandırılacak ve en az %75 alınması başarı ölçütü olacaktır.
Derse katılımda olguları aktif olarak tartışabilme, seminer sunumu, sentez analiz yeteneği kavram haritaları incelenerek değerlendirilecektir. En az %75 kavramı bağlantıları ile ilişkilendirilmesi başarı ölçütü olacaktır.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Derse kabul edilecek maksimum öğrenci sayısı 6'dir

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

(232) 412 65 54, hani.alotaibi@deu.edu.tr, nese.atabey@deu.edu.tr, alper.bagriyanik@deu.edu.tr, devrim.pesen@iyte.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Perşembe günleri 15:30-17:00

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 15 2 30
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 15 3 45
Vize Sınavına Hazırlık 1 10 10
Final Sınavına Hazırlık 1 10 10
Ödev Hazırlama 5 10 50
Kavram Haritası Hazırlama 5 10 50
Makale Hazırlama 5 10 50
Final Sınavı 1 3 3
Vize Sınavı 1 3 3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 251

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9
ÖK.11
ÖK.2345
ÖK.3345
ÖK.4345
ÖK.5345
ÖK.6345
ÖK.7345
ÖK.8345
ÖK.9345
ÖK.10345
ÖK.11345
ÖK.12345
ÖK.13345
ÖK.14345